重大专利侵权纠纷的裁决，主要由国家知识产权局负责进行行政裁决。以下是对这一问题的详细解析：
一、行政裁决的法律依据与目的
《重大专利侵权纠纷行政裁决办法》是由国家知识产权局制定并发布的一项重要法规，旨在有效处理全国范围内具有重大影响的专利侵权纠纷。该办法依据《中华人民共和国专利法》及相关法律法规制定，自2021年6月1日起施行，其核心目的在于依法依规办理在全国有重大影响的专利纠纷行政裁决案件，切实保障专利权人和社会公众的合法权益。
二、重大专利侵权纠纷的定义与范围
重大专利侵权纠纷包括但不限于以下几种情形：
- 涉及重大公共利益的；
- 严重影响行业发展的；
- 跨省级行政区域的重大案件；
- 其他可能造成重大影响的专利侵权纠纷，如严重影响市场秩序或涉嫌侵权行为危害公共安全等。
三、行政裁决的申请条件与程序
申请条件：
- 请求人是专利权人或利害关系人；
- 有明确的被请求人；
- 有明确的请求事项和具体事实、理由；
- 当事人未就该专利侵权纠纷向人民法院起诉（即人民法院未立案）。
行政裁决程序：
- 提交申请：请求人需按照《专利行政执法办法》的规定提交请求书及有关证据材料，并附上被请求人所在地或侵权行为地省、自治区、直辖市管理专利工作的部门出具的符合重大专利侵权纠纷定义的证明材料。
- 立案与通知：国家知识产权局在收到请求书后，应在5个工作日内决定是否立案，并通知请求人。同时，指定3名或3名以上单数办案人员组成合议组办理案件。特殊情况下，立案期限可延长5个工作日。
- 答辩与证据提交：立案后，国家知识产权局需在5个工作日内向被请求人发出请求书及其附件副本，要求其在15日内提交答辩书。逾期不提交不影响案件处理。
- 案件调查与审理：办案人员有权进行询问、现场检查、检查产品等调查活动。当事人有责任提供证据，因客观原因不能收集的，可书面申请国家知识产权局调查。
- 口头审理与调解：根据案情需要，国家知识产权局可决定进行口头审理，并组织当事人进行调解。调解不成时，应及时作出行政裁决。
- 结案与裁决：案件应自立案之日起三个月内结案，复杂案件可经批准延长一个月。特别复杂或有特殊情况的案件，经延期仍不能结案的，应确定合理延长期限。裁决书需加盖公章后送达当事人。
四、裁决的执行与其他规定
- 执行措施：当事人应履行行政裁决。不履行者，另一方当事人可依据民事诉讼法的相关规定向人民法院申请强制执行。
- 专利权无效处理：在行政裁决期间，若专利权被国家知识产权局宣告无效，案件可终止办理。但如有证据证明宣告无效的决定被生效行政判决撤销，权利人可另行提起请求。
- 行政诉讼权利：当事人对行政裁决不服的，有权依法向人民法院提起行政诉讼。
五、实际案例与法律建议
在实际操作中，重大专利侵权纠纷的行政裁决往往涉及复杂的法律和技术问题。例如，在一起涉及跨省级行政区域的重大专利侵权纠纷中，国家知识产权局通过详细的调查和审理，最终作出了公正的裁决，有效维护了专利权人的合法权益和市场公平竞争秩序。
法律建议：
- 对于专利权人或利害关系人而言，在遭遇重大专利侵权纠纷时，应及时向国家知识产权局提交行政裁决申请，并准备好充分的证据材料。
- 在行政裁决过程中，应积极配合国家知识产权局的调查和审理工作，如实提供证据和陈述事实。
- 如对行政裁决结果不服，可依法向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，重大专利侵权纠纷的裁决主要由国家知识产权局负责进行行政裁决。这一制度为处理全国范围内具有重大影响的专利侵权纠纷提供了明确的法律依据和程序规范，对于保护专利权人合法权益、维护市场公平竞争秩序具有重要意义。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。