建设工程施工合同无效时，结算和清理条款的效力需根据具体情况分析，一般而言，工程价款结算条款、质量保修条款以及争议解决条款中的部分内容在特定条件下仍有效；而清理条款中涉及违约金、赔偿金等第二性义务的部分则通常认定为无效。独立的结算协议或清理协议一般有效。以下是对这一结论的详细分析：
一、结算条款的效力
工程价款结算条款：
- 在合同无效的情况下，虽然原则上合同中的相关条款均归于无效，但考虑到建设工程的特殊性质，即使合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这是基于建设工程的劳务成果无法“返还原物、恢复原状”，必须对已完成的工程量进行结算的实际需要。
- 合同约定的固定总价、固定单价或可调价格等方式计算工程价款的条款，在工程质量合格的情况下，仍可参照执行。这一做法符合最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定。
- 工程价款支付时间和支付方式条款明确了发包人支付工程折价补偿款的具体要求和流程，在工程质量合格的情况下，对双方结算具有参考意义。
独立结算协议：
- 如果当事人就建设工程施工合同的结算事宜另行签订了独立的结算协议，那么这些协议的效力将不受主合同（即建设工程施工合同）无效的影响。只要这些协议系当事人真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，就应认定为有效。
二、清理条款的效力
涉及工程价款支付、结算的清理条款：
- 这类条款在工程质量合格的情况下，可以参照合同约定进行处理。因为这部分条款主要关注的是工程价款的结算和支付，与合同的主要义务紧密相关，且在合同无效后，为了保障建设工程的劳务成果得到合理补偿，这些条款仍然具有参考价值。
涉及违约金、赔偿金等其他事项的清理条款：
- 这些条款并非合同的主要义务，而是基于合同有效的基础上产生的第二性义务。因此，在建设工程施工合同无效的情况下，这些条款通常应认定为无效。因为合同无效意味着双方之间的权利义务关系自始不存在，基于合同有效而产生的违约金、赔偿金等第二性义务也就失去了存在的基础。
三、质量保修条款的效力
- 质量保修条款规定了承包人对工程质量的保修责任，即便施工合同无效，承包人仍需按照相关法律法规和行业标准对建设工程在合理使用寿命内的工程质量负责。这一条款的有效有助于保障建设工程的后续质量和使用安全，相关费用也应在结算时合理考虑。因为质量保修是承包人对工程质量的一种承诺和保障，与合同的有效与否无关，而是基于建设工程的特殊性和公共利益的需要。
四、争议解决条款的效力
仲裁或诉讼条款：
- 合同中约定的通过仲裁或诉讼方式解决争议的条款独立于施工合同的效力。当施工合同无效引发纠纷时，该条款仍然有效，双方应按照约定的争议解决途径进行处理。因为争议解决条款是双方为了保障自身权益而约定的，与合同的主要义务无直接关联，且其效力不受合同有效与否的影响。
过错责任划分部分：
- 虽然合同无效后，原约定的违约责任条款整体不能适用，但对于双方在合同签订及履行过程中存在的过错责任划分部分，仍具有一定效力。这部分条款对于确定双方应承担的责任和损失赔偿范围有重要作用。因为过错责任划分是双方为了明确各自在合同签订和履行过程中的责任而约定的，与合同的有效与否无直接关联，且其效力对于保障交易的公平和安全具有重要意义。
五、实际操作建议
- 在签订建设工程施工合同时，双方应明确约定结算和清理条款的具体内容，包括工程价款的结算方式、支付时间、支付方式以及质量保修责任、争议解决途径等。
- 在合同履行过程中，双方应严格按照合同约定履行各自的义务，避免产生纠纷。
- 如果合同无效或产生纠纷，双方应首先通过协商解决争议；协商不成的，可以按照合同约定的争议解决途径进行处理。
- 在处理结算和清理问题时，双方应充分考虑建设工程的特殊性和相关法律法规的具体规定，以确保各方权益得到妥善处理。
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