员工薪酬制度调整1年后提出异议，其有效性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、从合同变更的角度
如果薪酬制度调整经过了合法程序，如与员工协商一致并签订了书面变更协议：
- 在这种情况下，薪酬制度的调整是合法有效的，对双方都具有约束力。员工在1年后提出异议，通常不会被支持，因为合同变更已经生效，且员工在变更时已经同意。
如果薪酬制度调整未经过合法程序，如未与员工协商一致或未签订书面变更协议：
- 此时，薪酬制度的调整可能被视为无效或可撤销。员工在1年后提出异议，有可能得到法律的支持，尤其是如果员工能够证明调整对其造成了不利影响，且调整本身违反了法律法规或劳动合同的约定。
二、从时效性的角度
劳动争议的仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 如果员工在薪酬制度调整后1年内未提出异议，且没有时效中断或中止的情形，那么1年后提出异议可能因超过仲裁时效而不被受理。但需要注意的是，如果员工能够证明存在不可抗力或其他正当理由导致未能及时提出异议，仲裁时效可能会被中止或中断。
诉讼时效：
- 如果劳动争议经过仲裁后进入诉讼阶段，诉讼时效通常为三年（根据《中华人民共和国民法典》的规定）。但同样，如果员工在薪酬制度调整后长时间未提出异议，且没有合理的理由，法院可能会以超过诉讼时效为由驳回员工的诉讼请求。
三、从实际履行情况的角度
如果薪酬制度调整后，员工已经实际接受了新的薪酬制度并履行了劳动义务：
- 在这种情况下，即使员工在1年后提出异议，也可能因为实际履行行为而被视为对薪酬制度调整的默认接受。法院或仲裁机构可能会考虑员工的实际履行情况，以及双方是否已经形成了新的交易习惯或默契。
如果薪酬制度调整后，员工明确表示反对并保留了相关证据：
- 如果员工在薪酬制度调整后及时提出了异议，并保留了书面证据或其他能够证明其反对态度的证据，那么1年后提出异议时，这些证据将对其主张权利非常有利。
法律建议
对于员工：
- 如果对薪酬制度调整有异议，应及时与用人单位沟通并保留相关证据。
- 注意劳动争议的仲裁时效和诉讼时效，避免因超过时效而丧失维权机会。
对于用人单位：
- 在调整薪酬制度时，应确保程序合法、内容合理，并与员工充分协商一致。
- 保留好薪酬制度调整的相关文件和证据，以应对可能的劳动争议。
总结来说，员工薪酬制度调整1年后提出异议的有效性取决于多种因素，包括合同变更的程序、时效性的规定以及实际履行情况等。因此，在处理此类问题时，建议双方都咨询专业律师（即向我咨询），以便更好地维护自己的合法权益。