医院以考核不合格为由扣工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若医院有合法有效的绩效考核制度，且制度中明确规定了考核不合格的扣薪标准与程序：

   • 合法性前提：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。若医院的绩效考核制度满足上述民主程序与公示要求，则制度本身合法。
   • 扣薪合法性：若制度中明确规定“考核不合格可扣减XX%工资”，且扣减后的工资不低于当地最低工资标准，则医院扣薪行为合法。例如，某地最低工资为2000元/月，员工原工资5000元，制度规定考核不合格扣20%，则扣减后工资为4000元，合法；但若扣50%后仅2500元，虽高于最低工资，但需结合制度是否明确约定扣减比例上限综合判断。

2. 若医院无合法有效的绩效考核制度，或制度未履行民主程序、未公示：

   • 制度无效性：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，用人单位通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。若制度未履行民主程序或未公示，则不能作为扣薪依据。
   • 扣薪违法性：此时医院以考核不合格为由扣薪，属于未及时足额支付劳动报酬，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条要求解除劳动合同并主张经济补偿，同时可依据《劳动保障监察条例》第二十六条向劳动监察部门投诉，要求医院补发工资。

3. 若考核标准或程序存在不合理性：

   • 合理性判断：即使制度合法，若考核标准模糊（如“工作态度不积极”无具体量化指标）、考核程序不透明（如未告知劳动者考核结果及申诉渠道），也可能被认定为不合理。例如，某医院以“患者满意度低”为由扣薪，但未提供患者投诉记录或满意度调查表，则扣薪依据不足。
   • 法律后果：劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求经济补偿；同时可申请劳动仲裁，要求医院撤销扣薪决定并补发工资。

建议行动：

• 劳动者：若遭遇不合理扣薪，首先核查医院绩效考核制度是否合法有效（是否履行民主程序、是否公示、考核标准是否明确）；其次保留工资条、考核结果通知等证据；最后可向医院工会或劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁。
• 医院：若需通过考核管理员工，应确保制度合法有效，明确考核标准与程序，并在扣薪前告知劳动者并听取其陈述申辩，避免法律风险。

总结：医院以考核不合格为由扣工资是否合法，关键在于制度是否合法有效、扣薪是否合理且不低于最低工资标准。若制度或程序存在瑕疵，扣薪行为可能违法，劳动者有权主张权益。如有具体疑问，可直接向我咨询。