结论：在职研究生期间扣工资是否合法，需根据具体情况判断，主要看扣工资的原因以及是否符合相关法律法规和劳动合同的约定。以下从不同角度进行分析：
一、合法扣工资的情形
法定扣减：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位可以依法代扣劳动者工资，如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用等。若在职研究生期间，因需要缴纳相关税费或社保费用，用人单位依法进行扣减，这是合法的。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了在职研究生期间因特定原因（如培训、学习等）可以扣减工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照合同约定扣减工资也是合法的。
劳动者过错：
- 若在职研究生期间，劳动者因自身过错（如违反公司规章制度、造成经济损失等）给用人单位造成损失，用人单位可以按照劳动合同的约定或者依法制定的规章制度要求劳动者赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
二、非法扣工资的情形
无合法依据扣减：
- 如果用人单位在没有法定或约定依据的情况下，擅自扣减在职研究生的工资，这是违法的。例如，用人单位以在职研究生需要参加学习为由，无理由地扣减工资，这是不被允许的。
扣减比例过高：
- 即使因劳动者过错需要扣减工资，用人单位也不能随意确定扣减比例。如前所述，扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若用人单位扣减比例过高，则构成违法。
三、建议与措施
核对劳动合同：
- 在职研究生应首先核对自己的劳动合同，看其中是否有关于扣减工资的约定。如果有约定，且约定合法合理，那么用人单位按照约定扣减工资是合法的。
了解法律法规：
- 在职研究生应了解相关的法律法规，如《工资支付暂行规定》、《劳动合同法》等，以便在用人单位扣减工资时，能够判断其是否合法。
与用人单位沟通：
- 如果在职研究生对用人单位的扣减工资行为有异议，可以与用人单位进行沟通，了解扣减的具体原因和依据。如果认为用人单位的行为违法，可以要求用人单位停止违法行为，并恢复工资支付。
寻求法律援助：
- 如果与用人单位沟通无果，或者用人单位拒绝改正违法行为，在职研究生可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：在职研究生期间扣工资是否合法，需根据具体情况判断。如果扣减行为有法定或约定依据，且符合相关法律法规的规定，那么是合法的；否则，就是违法的。在职研究生应了解自己的权益和法律法规，必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。