在编人员扣工资是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 合法扣工资的情形：

   • 法定扣减：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。例如，某员工因疏忽导致公司损失5000元，公司与其劳动合同中有相关约定，且该员工月工资为5000元，那么公司每月最多只能扣除其1000元工资作为赔偿。
   • 依法代扣：用人单位可以依法代扣劳动者工资，包括代扣代缴的个人所得税、应由劳动者个人负担的各项社会保险费用，以及法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。比如，员工每月工资中需要扣除的个人所得税、社保费用等，这些都是合法且必要的扣减。

2. 非法扣工资的情形：

   • 无合法理由扣减：如果用人单位没有法定或约定的理由，擅自扣减在编人员的工资，这是不合法的。例如，公司以员工未参加某个非强制性的活动为由，扣减其工资，这种做法就缺乏法律依据。
   • 扣减比例超标：即使存在合法扣减的情形，如因员工原因造成损失需要赔偿，但扣减比例超过了法定标准（即每月扣除的部分超过劳动者当月工资的20%），也是不合法的。比如，员工月工资3000元，公司因某原因要扣减其工资，但每月扣减了1000元以上，这就超过了法定比例。
   • 扣减后工资低于最低标准：在因员工原因造成损失需要赔偿的情况下，如果扣减后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，用人单位应按最低工资标准支付，而不能继续按照原比例扣减。例如，当地最低工资标准为2000元，员工月工资2500元，因损失需扣减，但扣减后工资若低于2000元，则公司应按2000元支付。

法律建议：

• 如果在编人员遇到工资被非法扣减的情况，首先应与用人单位进行沟通，了解扣减的具体原因和依据。
• 如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，建议保留好相关的证据，如工资条、劳动合同、扣减工资的通知等，以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 如果用人单位非法扣减工资，除了需要补发被扣减的工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，以及需要支付赔偿金等法律责任。
• 对于在编人员来说，如果工资被非法扣减，不仅会影响其经济收入，还可能对其工作积极性和职业声誉造成负面影响。

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