如果自主实习自联单位不能签订第三方协议，可能会产生以下几种情况和后果：
实习权益保障缺失：
- 第三方协议，通常指的是学校、学生和实习单位三方共同签订的协议，它明确了各方的权利和义务，包括实习内容、实习期限、实习待遇、安全保障等。如果无法签订这样的协议，学生可能面临实习权益无法得到有效保障的风险。例如，实习单位可能随意变更实习内容、延长实习期限或降低实习待遇，而学生由于没有协议约束，可能难以维权。
学校管理难度增加：
- 对于学校而言，自主实习且无法签订第三方协议的情况可能增加其管理难度。学校通常需要通过第三方协议来监督实习过程，确保学生安全并评估实习效果。没有协议，学校可能难以掌握学生的实习动态，也无法对实习单位进行有效的监督和管理。
潜在的法律风险：
- 在没有第三方协议的情况下，如果学生在实习期间发生意外或纠纷，由于缺乏明确的法律文件来界定责任，学生、学校和实习单位之间可能产生法律争议。这可能导致学生维权困难，甚至需要承担不必要的法律责任。
针对这种情况，我给出以下建议：
尝试与实习单位协商：
- 学生可以尝试与实习单位沟通，说明签订第三方协议的重要性和必要性，争取实习单位的理解和支持。如果实习单位同意签订协议，那么问题就迎刃而解了。
寻求学校帮助：
- 如果与实习单位协商无果，学生可以向学校寻求帮助。学校可以出面与实习单位进行沟通，或者为学生提供其他实习机会，以确保学生的实习权益得到保障。
了解并保留相关证据：
- 在无法签订第三方协议的情况下，学生应尽可能了解并保留与实习相关的所有证据，如实习通知、实习内容安排、实习待遇证明等。这些证据在发生纠纷时可能成为学生维权的重要依据。
考虑其他实习形式：
- 如果自主实习且无法签订第三方协议的风险太大，学生也可以考虑参加学校组织的集中实习或其他有保障的实习形式，以降低实习风险。
最后，我想强调的是，虽然自主实习可能为学生提供更多的选择和灵活性，但同时也伴随着一定的风险。因此，学生在选择自主实习时，应充分了解并评估各种风险，并采取相应的措施来降低风险。如果遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。