结论：农村邻居在您窗口下养鸡是否违法，需结合具体情况判断，主要涉及相邻权、土地用途及地方性法规等因素。以下从不同角度分析：

1. 相邻权角度

根据《民法典》第二百八十八条，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。若邻居养鸡行为导致以下后果，可能构成侵权：

• 噪音、异味干扰：鸡鸣、粪便气味影响您正常生活；
• 卫生隐患：鸡粪滋生蚊虫，可能传播疾病；
• 采光、通风受阻：鸡舍遮挡窗口，影响居住环境。

建议：若存在上述情形，您可先与邻居协商，要求其采取整改措施（如迁移鸡舍、加强卫生管理）。若协商无果，可向村委会或乡镇政府调解，或直接向法院起诉，要求停止侵害、排除妨碍。

2. 土地用途角度

• 宅基地用途限制：若鸡舍建在邻居宅基地范围内，需确认其是否违反宅基地使用规定。根据《土地管理法》，宅基地仅用于建造住宅及其附属设施，若养鸡规模超出“家庭副业”范畴（如商业化养殖），可能涉及改变土地用途，需经相关部门批准。
• 集体土地租赁/使用：若鸡舍占用集体土地（如村内空闲地），需确认邻居是否依法取得使用权。未经批准擅自占用集体土地养鸡，可能面临行政处罚（如限期拆除、恢复原状）。

建议：您可向当地自然资源部门查询鸡舍所在土地的性质及使用手续，若存在违规用地情形，可向相关部门举报。

3. 地方性法规角度

部分地区出台了农村人居环境整治或畜禽养殖管理条例，对养殖区域、规模、环保措施等作出具体规定。例如：

• 禁止养殖区：若您所在村庄被划定为“禁养区”（如水源保护区、居民集中区），邻居养鸡行为可能被禁止；
• 环保要求：若养鸡规模达到“规模化养殖”标准（各地标准不同），需配套建设污染防治设施，否则可能面临罚款或停业整顿。

建议：您可查询当地政府官网或咨询环保部门，确认是否存在相关限制性规定。若邻居行为违反地方性法规，可向环保、农业等部门投诉。

4. 特殊情形：历史遗留问题

若邻居养鸡行为已持续多年，且您此前未提出异议，可能涉及“相邻权行使期限”问题。根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，但自权利受到损害之日起超过二十年的，法院不予保护。

建议：若您认为邻居行为长期侵权，需尽快主张权利，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

总结与行动建议

1. 优先协商：与邻居沟通，明确诉求（如减少噪音、清理粪便），争取友好解决；
2. 收集证据：拍照、录像记录鸡舍位置、卫生状况及对您生活的影响；
3. 查询规定：确认土地性质、地方性法规对养殖的限制；
4. 寻求调解/投诉：向村委会、乡镇政府或相关部门反映情况；
5. 法律途径：若上述方式无效，可起诉至法院或申请行政复议/诉讼。

提示：农村地区养殖行为常涉及传统习俗与法律规范的冲突，建议结合实际情况灵活处理，既要维护自身权益，也要兼顾邻里和谐。如有进一步疑问，可直接向我咨询。