结论：员工与公司分公司建立劳动关系，在劳动仲裁过程中分公司注销的，劳动仲裁是否继续进行需视情况而定，但通常不会因分公司注销而直接终止，员工仍可依法维权。

详细分析：

1. 分公司注销的法律后果：

   • 分公司作为公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由公司承担。当分公司注销时，其法律地位即告消灭，但并不意味着与分公司建立劳动关系的员工的权益也随之消失。
   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，分公司注销后，其债权债务应由总公司承继。因此，员工与分公司之间的劳动关系，在分公司注销后，应视为与公司（总公司）之间的劳动关系。

2. 劳动仲裁的继续进行：

   • 仲裁主体变更：在劳动仲裁过程中，如果分公司注销，仲裁机构通常会根据实际情况，将仲裁主体变更为公司（总公司）。员工可以继续以公司为被申请人，要求其承担相应的法律责任。
   • 仲裁程序不受影响：分公司注销并不构成劳动仲裁程序终止的法定事由。仲裁机构会依法继续审理案件，并根据查明的事实和法律规定作出裁决。

3. 员工维权的建议：

   • 及时收集证据：员工应尽快收集与劳动关系相关的证据，如劳动合同、工资单、工作证等，以证明自己与公司之间存在劳动关系。
   • 关注仲裁进展：员工应密切关注仲裁程序的进展，及时了解仲裁机构的通知和要求，确保自己的权益得到保障。
   • 考虑法律途径：如果仲裁结果不满意，员工还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果分公司注销前已进行清算：且清算程序中已对员工的劳动债权进行了处理（如支付了工资、经济补偿等），则员工可能无法再通过劳动仲裁或诉讼途径要求公司承担额外责任。但这种情况较为特殊，需要具体分析清算程序是否合法、是否充分保障了员工的权益。
   • 如果公司也面临注销或破产：则员工的劳动债权可能纳入破产债权进行清偿。此时，员工应按照《中华人民共和国企业破产法》的规定，向破产管理人申报债权，并参与破产财产的分配。

总结与建议：

员工与公司分公司建立劳动关系，在劳动仲裁过程中分公司注销的，劳动仲裁通常不会因此终止。员工应继续关注仲裁进展，及时收集证据，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。如果遇到特殊情况或不确定如何处理，建议直接向我咨询，我将根据具体情况为你提供专业的法律建议。