结论：离职三年后，法院能否证明与单位存在劳动关系，取决于多种因素，包括是否有足够的证据来证明劳动关系以及是否超过了法律规定的诉讼时效。

分析：

1. 证据问题：

   • 要证明与单位存在劳动关系，通常需要提供一系列的证据，如劳动合同、工资单、工作证、考勤记录、同事证言等。这些证据应当能够清晰地显示你在该单位工作的时间、职位以及工作内容。
   • 如果离职时没有妥善保存这些证据，或者单位拒绝提供相关证据，那么证明劳动关系的难度就会增加。但并非没有可能，例如，可以通过银行流水证明工资发放情况，或者通过社保缴纳记录证明劳动关系。

2. 诉讼时效问题：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 如果离职后三年才提起诉讼或仲裁，且在这期间没有发生时效中断或中止的情形（如向单位主张权利、向有关部门请求权利救济等），那么可能会因为超过诉讼时效而面临败诉的风险。
   • 但需注意：诉讼时效的规定并非绝对，如果存在特殊情况（如单位承认劳动关系、存在连续侵权行为等），或者当事人能够证明自己在时效期间内一直在主张权利，那么法院可能会考虑这些因素，对诉讼时效进行灵活处理。

3. 实际操作建议：

   • 如果你认为与单位之间存在未解决的劳动争议，且希望证明劳动关系，建议尽快收集相关证据，并向当地劳动争议仲裁委员会或法院提起仲裁或诉讼。
   • 在提起仲裁或诉讼前，可以尝试与单位进行协商，看是否能够达成和解协议，以节省时间和精力。
   • 如果对法律程序不熟悉或担心自己的权益得不到保障，可以寻求专业律师的帮助，他们可以提供具体的法律建议和指导。

后续行动建议：

• 如果你现在面临这样的问题，我建议你首先回顾自己手中是否有能够证明劳动关系的证据，并尽快咨询专业律师（即向我咨询），以便更准确地评估你的案件情况和可能的法律后果。
• 同时，你也可以考虑与单位进行沟通，看是否能够通过协商解决问题，避免不必要的法律纠纷。