烟草行政处罚案件承办人在特定情况下后期是可以更换的。具体分析如下：

1. 法定更换情形：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关烟草专卖管理法规，若原案件承办人因健康原因、职务变动、回避事由（如与案件有利害关系）等法定情形无法继续履行职责时，应当依法更换案件承办人。例如，若承办人因疾病无法参与案件调查或听证程序，行政机关需及时指派其他具备资质的人员接替。

2. 程序合法性要求：

   • 更换承办人需严格遵循法定程序。行政机关应书面记录更换原因、新承办人资质及交接过程，确保案件处理的连续性。若案件已进入听证或复议阶段，更换承办人可能需重新履行告知义务或听证程序，以保障当事人陈述申辩权。

3. 当事人权利保障：

   • 当事人对承办人更换有异议的，可依法提出回避申请。若新承办人存在可能影响公正处理的情形（如曾参与前期调查且存在偏见），当事人有权要求其回避，行政机关需在3日内作出决定并说明理由。

4. 实务操作建议：

   • 行政机关角度：应建立承办人更换的内部审批机制，明确更换条件及流程，避免因人员变动导致程序违法。例如，在烟草专卖行政处罚中，若原承办人调离岗位，需及时将案件材料移交新承办人，并重新制作《调查笔录》确认案件事实。
   • 当事人角度：若发现承办人更换后未依法履行告知义务或存在程序瑕疵，可及时提出书面异议，并保留相关证据（如邮寄凭证、通话记录）以备后续维权。

提示：烟草行政处罚案件承办人更换涉及程序合法性与当事人权利保障，需严格依据《行政处罚法》《烟草专卖行政处罚程序规定》等法规操作。如有具体案件疑问，可直接向我咨询，我将结合案情进一步分析。