在借款纠纷案件中，当对借条的签名有异议时，通常应当由提出异议的一方（即借款人或主张签字非其所为的一方）申请笔迹鉴定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
“谁主张，谁举证”原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。这一原则明确规定了当事人在诉讼中的举证责任。在借贷纠纷中，如果借款人否认借条上的签字是其本人所签，那么按照这一原则，借款人应当承担起提供相应证据的责任，包括申请笔迹鉴定来支持其主张。
举证责任的具体规定：
- 《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》也进一步明确了举证责任的问题，指出当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。因此，借款人在对借条签字提出异议时，必须提供足够的证据来支持其主张，否则可能面临不利的法律后果。
二、实际应用与指导意义
提出异议方的责任：
- 在实际应用中，如果借款人或任何一方对借条上的签字提出异议，那么提出异议的一方应当及时主动地向法院申请笔迹鉴定，并提供相关样本和资料以供比对。这是提出异议方证明其主张成立的关键步骤。
法院的角色与特殊情况：
- 虽然大多数情况下遵循“谁主张，谁举证”的原则，但在某些特殊情形下，如借条的真伪可能涉及到第三方的重大利益或存在损害公共利益的可能等，法院为了查明案件事实、公正裁判，也可以依职权决定进行笔迹鉴定。然而，这种情况相对较少见，且不影响一般原则的应用。
未申请鉴定的后果：
- 如果提出异议的一方未能及时申请笔迹鉴定或提供的证据不足，那么其异议可能不会被法院采纳，从而需要承担相应的法律责任。例如，如果借款人未能提供充分证据证明借条上的签字非其所为，那么法院可能会认定借条有效，借款人需要承担还款责任。
三、建议与注意事项
及时申请鉴定：
- 如果对借条上的签字有异议，应当尽快向法院申请笔迹鉴定，以免错过举证期限或影响案件审理进度。
提供充分证据：
- 在申请笔迹鉴定时，应当提供足够的样本和资料以供比对，确保鉴定结果的准确性和可靠性。
咨询专业律师：
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。作为侯佳律师，我专注于刑事辩护、涉外纠纷、经济纠纷、婚姻家庭、公司事务、合同纠纷等领域，可以为你提供专业的法律咨询和辩护服务。
综上所述，当对借条的签名有异议时，通常应当由提出异议的一方申请笔迹鉴定以支持其主张。这是基于“谁主张，谁举证”的民事诉讼基本原则，并受到相关法律规定的支持和保障。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。