在借条签字真伪存在争议时，一般由主张借条真实有效的一方（通常是出借人）申请鉴定，但具体需结合案件情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

从举证责任分配角度

在民间借贷纠纷中，当借条上的签字真伪成为争议焦点时，遵循“谁主张，谁举证”的基本原则。出借人主张借条真实有效，借款人否认签字真实性，此时出借人为了证明自己的主张成立，有责任提供证据来证实借条上的签字确实是借款人本人所签。而笔迹鉴定是证明签字真实性的重要手段之一，所以通常由出借人申请鉴定。

例如，甲借给乙一笔钱，乙出具了借条。后来乙否认借条上的签字是自己所签，甲为了要回借款，就需要证明借条是真实的，那么甲就应当申请对借条上乙的签字进行鉴定。

从特殊情况角度

1. 借款人主动申请鉴定：如果借款人能够提供初步证据表明借条上的签字可能不是自己所签，比如有证据显示在借条形成的时间段内，自己不在签字地点，或者有他人冒用自己身份的迹象等，此时借款人也可以主动申请鉴定，以证明自己的抗辩主张。

比如，乙称借条上的签字不是自己所签，并且提供了自己在借条形成时间段内在外地的火车票、住宿记录等证据，那么乙可以向法院申请对借条上的签字进行鉴定。

1. 法院依职权启动鉴定：在一些特殊情况下，如果案件的审理结果涉及到公共利益或者案件事实的认定存在重大疑问，法院可能会依职权启动鉴定程序。不过这种情况相对较少，通常还是以当事人申请鉴定为主。

申请鉴定的流程及注意事项

1. 提出申请：当事人需要在举证期限内向法院提出书面鉴定申请，明确鉴定的目的、事项和要求等。
2. 提供检材和样本：申请鉴定的一方需要提供用于鉴定的检材（即借条上的签字）和样本（如借款人平时书写的字迹材料等），样本应当真实、充分，能够反映借款人平时的书写习惯。
3. 选择鉴定机构：双方当事人可以协商确定鉴定机构，协商不成的，由法院指定鉴定机构。
4. 缴纳鉴定费用：鉴定费用一般由申请鉴定的一方先行垫付，最终由责任方承担。如果鉴定结果对申请方不利，申请方可能需要承担鉴定费用；如果鉴定结果支持申请方的主张，鉴定费用可能由对方承担。

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