结论：建筑公司能否一并主张工程款或需每个合同单独起诉，需分情况讨论，具体如下：

1. 合同具有关联性且纠纷基于同一法律关系或事实
   若建筑公司与发包方签订的多份纠纷合同涉及同一工程项目（如总承包合同与分项补充协议），且工程款争议源于同一施工行为、结算依据或违约事实，可合并起诉。

   • 法律依据：根据《民事诉讼法》第55条，当事人一方或双方为二人以上，诉讼标的是共同的或同一种类的，法院认为可以合并审理并经当事人同意的，为共同诉讼。
     
   • 实务优势：合并起诉可避免重复举证（如施工日志、验收报告等），提高诉讼效率，降低维权成本。
     
   • 例外情形：若合同明确约定“每份合同独立结算且纠纷单独处理”，可能被认定为独立法律关系，需分别起诉。

2. 合同相互独立且纠纷无实质关联
   若多份合同涉及不同工程项目、施工内容或时间节点，且工程款争议基于各自独立的履行行为（如不同地块的施工合同），通常需单独起诉。

   • 风险点：合并起诉可能被法院以“诉讼标的非同一种类”为由驳回，导致诉讼程序拖延。
     
   • 建议：提前梳理合同关系，若存在主从合同（如总包合同与担保合同），可主张主从合同纠纷一并处理。

3. 合同效力存在瑕疵（如无效或可撤销）
   若部分合同因未取得施工许可证、违反招投标规定等被认定无效，而其他合同有效，需分案处理：

   • 无效合同：根据《民法典》第793条，可参照合同约定折价补偿工程款；
     
   • 有效合同：按约定主张工程款及违约金。
     
   • 关键点：法院可能要求先确认合同效力，再处理工程款纠纷，程序上需分步进行。

实务建议：

• 证据整合：无论合并或分案起诉，均需完整保存合同、履约凭证（如签证单、材料采购发票）、结算文件等证据；
  
• 诉讼策略：若合同关联性存疑，可先通过律师函或协商明确争议范围，再决定是否合并起诉；
  
• 管辖法院：注意合同中约定的仲裁条款或管辖法院，避免因程序问题影响维权效率。
  

如有具体合同文本或纠纷细节，可进一步向我提供，我会结合条款内容为您制定更精准的诉讼方案。