结论：个体户以公司名义开票但将款项打入个人账户，这种做法存在较大的法律风险，通常是不合法的。以下从不同角度详细分析：
税务合规角度
- 根据我国税收征管法及相关规定，企业（包括个体户）应当按照规定开设银行账户，并将经营所得款项存入该账户，以便税务机关进行税收征管。如果个体户以公司名义开具发票，但将款项打入个人账户，这可能导致税务机关难以追踪其真实经营情况，从而引发税务风险。
- 具体来说，这种做法可能被视为偷逃税款的行为，因为款项未进入公司账户，可能未被纳入税务申报和缴纳的范围。一旦被税务机关发现，个体户可能面临补缴税款、滞纳金以及罚款等法律责任。
财务管理角度
- 从财务管理的角度来看，个体户应当建立规范的财务制度，包括开设银行账户、进行账务记录等。将款项打入个人账户会破坏这种规范性，使得财务管理变得混乱不堪。
- 长期来看，这种做法可能损害个体户的商业信誉和形象，影响其与合作伙伴、客户等的关系。同时，也可能给个体户自身带来不必要的财务风险和纠纷。
法律责任角度
- 如果个体户以公司名义开票但将款项打入个人账户，且该行为被认定为偷逃税款或其他违法行为，那么个体户及其负责人可能面临法律责任。这包括但不限于行政处罚、刑事处罚等。
- 在极端情况下，如果这种行为构成了犯罪（如逃税罪等），那么个体户的负责人甚至可能面临刑事拘留、有期徒刑等严厉的刑罚。
建议：
- 个体户应当严格遵守国家法律法规和税收征管规定，开设并使用银行账户进行经营活动。
- 如果确实需要将款项打入个人账户（如支付工资、报销费用等），应当确保该行为符合相关法律法规和税收征管规定，并保留好相关凭证和记录以备查验。
- 如果对具体的税务或财务管理问题存在疑问或不确定之处，建议及时咨询专业的税务或财务顾问以获取准确的指导和建议。