项目验收报告写不作为付款依据，这样的条款在合法性上需要分情况讨论：
合同自由原则下的合法性：
- 根据合同法的相关原则（此处依据现行有效的《中华人民共和国民法典》合同编的相关精神），合同双方有权在平等、自愿的基础上约定合同的内容，包括付款条件、验收标准等。因此，如果双方在合同中明确约定“项目验收报告不作为付款依据”，并且这一约定是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有违背公序良俗，那么这样的条款在法律上是有效的。
条款可能引发的法律问题：
- 显失公平：尽管合同双方有权自由约定合同内容，但如果该条款导致双方权利义务显失公平，例如，一方利用优势地位迫使另一方接受不合理的付款条件，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该条款。
- 违反法律规定：如果项目验收报告实际上是付款的必要条件，而合同中却约定不作为付款依据，这可能违反了相关法律法规的强制性规定（如某些行业规定必须验收合格后才能付款），那么这样的条款将是无效的。
- 合同目的无法实现：如果验收报告是确认项目完成情况、质量等的重要依据，而合同中却排除其作为付款依据，可能导致合同目的无法实现。在这种情况下，受损害方有权要求解除合同或寻求其他法律救济。
实际操作中的建议：
- 明确约定：为了避免纠纷，双方在签订合同时应明确约定付款条件、验收标准等关键条款，确保条款内容清晰、具体、无歧义。
- 保留证据：在项目执行过程中，双方应妥善保留与项目验收、付款等相关的证据材料，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
- 及时沟通：如果双方在合同履行过程中对付款条件、验收标准等产生争议，应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。如果协商不成，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
总结来说，项目验收报告写不作为付款依据的条款，其合法性取决于双方的真实意思表示、条款内容是否违反法律强制性规定以及是否显失公平等因素。在签订合同时，双方应谨慎考虑并明确约定相关条款，以避免后续纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。