当行政复议推翻原有行政行为时，处理流程需严格遵循法律法规，确保行政行为的合法性、合理性和公正性。以下是对此问题的详细解答：
一、复议机关改变原行政行为的情形
复议机关在审查原行政行为时，若发现存在以下问题，有权进行改变：
事实认定不清或错误：原行政机关在作出行政行为时，若主要事实认定不清、证据不充分或不准确，复议机关会重新认定事实，或对原证据进行否定、调整，从而改变原行政行为的事实基础。
法律依据错误或理解有误：原行政机关在适用法律、法规、规章等规范依据时，若出现错误或理解偏差，导致行为定性不当，复议机关会依法纠正，选择正确的法律规范，并据此作出新的决定。
程序违法：若原行政行为在程序上存在违法行为，如未履行告知义务、听证程序缺失等，复议机关会因此撤销或变更该行为。
处理结果不当：即使事实和法律依据均无误，但若原行政机关的处理结果显失公正、不合理或过重，复议机关也有权进行调整和变更。
超越或滥用职权：当原行政机关在行使职权时超出其法定权限，或明显滥用了裁量权，复议机关将对此进行纠正。
二、复议机关改变原行政行为后的处理流程
停止执行原行政决定：
- 一旦复议机关改变或撤销原行政行为，该行政决定即失去法律效力，必须立即停止执行。这是为了防止违法或不当的行政行为继续对当事人产生不利影响。
赔偿当事人损失：
- 根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，如果原行政行为的改变或撤销给当事人造成了实际损失，当事人有权依法向行政机关申请赔偿。行政机关应按照法定程序和标准，及时、公正地给予赔偿。
重新作出行政行为（如需）：
- 若复议机关认为原行政行为存在违法或不合理等问题而予以改变或撤销，且相关事项仍需要处理时，原行政机关应在法定期限内重新作出行政行为。
- 重新作出的行政行为必须严格遵守法律法规，确保合法性和合理性，并履行相应的程序，如送达、公告等，以保障当事人的知情权和参与权。
- 根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，重新作出的行政行为不得以同一的事实和理由作出与原具体行政行为相同或者基本相同的决定。
持续关注和监督：
- 行政机关应持续关注新行政行为的执行情况，以及当事人在其他方面的合法权益是否得到保障。对于发现的问题应及时纠正，确保行政行为的有效性和合法性。
- 当事人和社会各界也有权对行政机关的行政行为进行监督，通过合法途径提出意见和建议，促进行政机关依法行政。
当事人寻求进一步救济：
- 如果当事人对复议决定不满意，或对原行政机关重新作出的行政行为仍有异议，可以依法向人民法院提起行政诉讼，寻求进一步的法律救济。
三、注意事项
- 复议机关在改变原行政行为时，必须确保复议决定的合法性和合理性，明确、具体地说明改变的理由和依据。
- 行政机关在重新作出行政行为时，应综合考虑事实、法律、程序和处理结果的合理性，确保行政行为的公正性和权威性。
- 当事人应了解自己的合法权益和救济途径，在必要时积极寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。
综上所述，当行政复议推翻原有行政行为时，需严格按照法律规定进行处理，包括停止执行原决定、赔偿损失、重新作出合法合理的行政行为、履行相关程序以及持续关注和监督新行政行为的执行情况。同时，当事人也享有寻求进一步法律救济的权利。