当公司法人违反公司章程时，这确实是一个需要严肃对待的问题，因为公司章程是公司治理的基石，对公司及其所有成员都具有法律约束力。以下是我为您详细梳理的处理步骤和建议：
一、明确违规性质与后果
首先，要明确公司法人违反公司章程的具体行为性质及其可能带来的后果。这种违规行为可能损害公司及其他股东的合法权益，破坏公司的正常运营秩序，甚至影响公司的长期发展。因此，必须对此类行为给予足够的重视。
二、启动内部处理机制
召开股东会：
- 股东会是公司的最高权力机构，有权对法人的违规行为进行审议和决策。您可以联合其他股东，根据《公司法》规定，提议召开临时股东会，讨论并决定对违规法人的处理措施。这可能包括批评警告、要求纠正行为、甚至解除其职务等。
董事会介入（如公司设有董事会）：
- 董事会负责监督公司管理层，包括法人。一旦发现法人违反章程，董事会应立即召开会议进行讨论，并根据情节轻重采取相应措施。这可能包括要求法人停止违规行为、进行内部通报批评、或者考虑解除其职务等。
监事会监督与报告：
- 监事会作为公司的专门监督机构，有责任监督法人的行为是否符合章程。如果发现违规行为，监事会应立即要求法人纠正，并进行调查。若法人拒绝纠正，监事会应向股东会报告，推动进一步处理。
依据章程规定处罚：
- 公司章程中可能已规定了针对违规行为的处罚措施。您可以依据这些规定，对违规法人采取具体的处罚行动，如警告、罚款、限制权利等。
三、考虑法律途径
如果内部处理机制无法有效解决问题，或者违规行为性质严重，您可以考虑采取法律途径：
股东诉讼：
- 当法人的违规行为损害公司利益，且公司内部机构怠于行使职权时，符合条件的股东可以提起股东代表诉讼，要求法人赔偿公司损失。如果违规行为直接损害了您的个人利益，您还可以提起直接诉讼。
公司诉讼：
- 公司本身也有权向法院起诉违规法人，要求其承担法律责任并进行赔偿。这通常需要公司董事会或股东会的授权。
向相关部门举报：
- 如果法人的违规行为同时违反了行政管理法规（如工商登记管理规定、税收法规等），您可以向相关行政管理部门举报，由行政部门依法进行处罚。
四、加强风险防范与内部治理
为了避免类似问题再次发生，公司应加强内部治理和风险防范措施：
- 完善监督机制：确保所有成员严格遵守公司章程和法律法规，加强对法人的监督和管理。
- 建立健全内部管理制度：制定并执行严格的内部管理制度和风险控制机制，降低经营风险。
综上所述，对于公司法人违反公司章程的行为，您应首先通过内部处理机制进行纠正和处罚；如果内部处理无效或违规行为性质严重，可依法寻求法律救济。同时，公司应重视风险防范和内部治理工作，确保公司的稳健运营和持续发展。