法人发现公司有违法行为时，应当采取以下措施来妥善处理：

1. 立即停止违法行为：

   • 一旦发现公司存在违法行为，法人应首要确保该行为立即停止，防止损害进一步扩大。这是法人作为公司管理者的基本责任，也是避免法律风险进一步加剧的关键步骤。

2. 内部调查与核实：

   • 法人应组织内部调查，核实违法行为的性质、范围、影响及责任人员。这有助于准确了解情况，为后续处理提供依据。调查过程中，应确保程序的公正性和透明性，避免偏袒或掩盖事实。

3. 评估法律后果与风险：

   • 根据违法行为的性质，法人需要评估可能面临的法律后果，包括行政处罚、民事赔偿、刑事责任等。同时，也要考虑对公司声誉、业务运营及股东利益的影响。这一评估有助于法人制定更为合理的应对策略。

4. 采取补救措施：

   • 根据调查结果和法律后果评估，法人应制定并实施补救措施。这可能包括纠正违法行为、赔偿受害者、恢复公司声誉等。补救措施的实施应迅速且有效，以减轻对公司的不利影响。

5. 报告与配合调查：

   • 如果违法行为涉及监管机构或司法机关的调查，法人应主动报告并配合调查工作。这包括提供相关证据、资料，协助调查人员了解情况等。配合调查是法人的法定义务，也是减轻公司法律责任的重要途径。

6. 加强内部管理与合规建设：

   • 法人应借此机会加强公司的内部管理和合规建设，完善相关制度和流程，防止类似违法行为再次发生。这包括加强员工培训、建立合规文化、设立合规部门等。通过加强内部管理和合规建设，可以提升公司的整体合规水平，降低法律风险。

7. 考虑法律责任与追责：

   • 对于违法行为中的责任人员，法人应根据公司规章制度和相关法律法规进行追责。这可能包括警告、罚款、解雇等内部处罚措施，以及在必要时向司法机关报案并追究其刑事责任。通过追责，可以维护公司的纪律和秩序，同时警示其他员工遵守法律法规。

在处理过程中，法人还需注意以下几点：

• 保持冷静与理性：面对违法行为，法人应保持冷静和理性，避免情绪化决策或采取过激行动。
• 保护公司利益与股东权益：在处理违法行为时，法人应始终将公司利益和股东权益放在首位，确保处理措施既符合法律法规要求，又有利于公司的长远发展。
• 及时沟通与信息披露：如果违法行为涉及公众利益或对公司声誉有重大影响，法人应及时与股东、客户、合作伙伴等利益相关者进行沟通，并按照规定进行信息披露，以维护公司的透明度和公信力。

若法人对处理违法行为的具体步骤或法律责任存在疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据具体情况提供详细的法律建议和指导。