被告人有权要求律师调查未提交至检察院的笔录情况。以下从几个方面为你详细分析：
一、律师的调查取证权
根据我国《刑事诉讼法》及相关规定，辩护律师有权根据案情需要，自行调查取证。这包括向有关单位、个人收集与案件有关的材料，如书证、物证、视听资料等，当然也包括询问被告人本人以了解案件情况。在你的情况下，如果公安局只将两次笔录提交至检察院，而被告人认为还有第三次笔录对案件有重要影响，那么被告人完全有权要求其律师对此进行调查。
二、调查的具体方式
向公安局申请查阅：律师可以直接向负责该案件的公安局提出申请，要求查阅被告人的所有笔录，包括未提交至检察院的第三次笔录。如果公安局拒绝提供，律师可以依据相关法律规定，向其上级机关或同级人民检察院提出申诉或控告。
向检察院提出申请：律师也可以向检察院提出申请，要求检察院向公安局调取被告人的所有笔录。检察院在审查案件时，有义务全面收集、审查证据，包括被告人所有的笔录。
通过法庭调查：在案件进入审判阶段后，律师还可以在法庭上提出申请，要求法庭调取被告人的所有笔录作为证据。法庭在审理案件时，会根据案件需要和法律规定，决定是否调取相关证据。
三、可能遇到的困难及应对
公安局或检察院拒绝提供：如果公安局或检察院拒绝提供第三次笔录，律师需要仔细分析拒绝的理由是否合法、合理。如果认为拒绝提供笔录的行为违法或侵犯了被告人的合法权益，律师可以依法提出申诉或控告。
笔录已丢失或毁损：如果第三次笔录确实已丢失或毁损，律师需要评估这对案件的影响程度。如果笔录内容对案件有重要影响，律师可以考虑通过其他证据来证明相关事实，或者向法庭提出申请，要求对相关事实进行重新调查或鉴定。
四、法律建议
及时与律师沟通：如果你作为被告人认为还有未提交至检察院的笔录对案件有重要影响，应及时与你的律师沟通，告知其相关情况。
配合律师调查：在律师进行调查取证时，你应积极配合，提供必要的协助和信息。
关注案件进展：在案件审理过程中，你应密切关注案件的进展情况，及时了解律师的调查取证结果和法庭的审理情况。
如果你在刑事案件中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律服务。