结论：在包工包料工程不合格的情况下，报警和起诉是两种不同的处理方式，选择哪种方式取决于具体情况和您的诉求。一般来说，如果涉及刑事犯罪（如诈骗、重大安全事故等），应优先报警；如果主要是民事纠纷（如工程质量不符合约定），则更适合通过起诉来解决。
一、报警的情况及理由
涉嫌刑事犯罪：
- 如果包工头或施工单位在工程中存在欺诈行为，如虚构工程资质、使用劣质材料等，导致工程严重不合格，且数额较大，可能构成诈骗罪。
- 如果工程不合格导致了重大安全事故，如建筑物倒塌、人员伤亡等，可能构成重大责任事故罪或其他相关刑事犯罪。
- 理由：刑事犯罪由公安机关立案侦查，通过刑事诉讼程序追究犯罪嫌疑人的刑事责任，可以更有效地打击犯罪，保护受害者的合法权益。
紧急情况：
- 如果工程不合格已经对公共安全或他人生命财产安全构成即时威胁，如建筑物即将倒塌等，应立即报警以便迅速采取措施防止危害发生。
- 理由：在紧急情况下，报警可以迅速调动警力进行处置，避免或减少损失。
二、起诉的情况及理由
民事纠纷：
- 如果工程不合格主要是违反了合同约定，如使用了不符合约定的材料、工艺等，导致工程质量不达标，但未构成刑事犯罪。
- 理由：民事纠纷应通过民事诉讼程序解决，起诉是维护自身合法权益的有效途径。通过法院判决，可以要求对方承担违约责任，如赔偿损失、修复工程等。
协商无果：
- 在发现工程不合格后，如果双方已经尝试过协商解决，但未能达成一致意见。
- 理由：协商是解决纠纷的首选方式，但如果协商无果，起诉则成为必要的法律手段。通过起诉，可以借助法院的力量来强制对方履行义务或承担责任。
三、综合建议
评估情况：
- 在决定报警还是起诉之前，应首先评估工程不合格的具体情况，包括是否构成刑事犯罪、损失大小、双方协商情况等。
收集证据：
- 无论选择报警还是起诉，都需要收集充分的证据来支持自己的主张。证据可以包括合同、照片、视频、检测报告、证人证言等。
咨询专业意见：
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助您选择最合适的处理方式，并协助您收集证据、准备诉讼材料等。
考虑其他解决方式：
- 除了报警和起诉外，还可以考虑通过调解、仲裁等其他方式解决纠纷。这些方式通常更加灵活、高效，且成本较低。
在处理包工包料工程不合格的问题时，应根据具体情况选择合适的处理方式。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。