工程项目部签订的补充协议是否有效，需根据具体情况判断，但通常来说，若满足一定条件，补充协议是有效的。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、补充协议有效的基本条件
当事人具备民事行为能力：
- 工程项目部作为签订补充协议的一方，应具备相应的民事行为能力。这通常意味着工程项目部需是合法设立并有权代表公司进行民事活动的机构，且其负责人或授权代表具备签订合同的资格。
意思表示真实：
- 补充协议的签订应基于双方平等、自愿的协商，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。这是确保协议内容真实、合法的基础。
内容合法合规：
- 补充协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。在建设工程领域，这特别意味着补充协议中的工程质量标准、施工安全要求等不能低于国家规定的强制性标准。
主合同的存在与有效性：
- 补充协议通常是对主合同的补充或变更。因此，主合同的存在和有效性是补充协议有效的重要前提。然而，若补充协议内容完整、独立，且双方实际已按此履行，它可能被视为一个新的独立合同，并因其满足合同有效要件而被认定有效。但这种情况较为特殊，需具体分析。
二、补充协议与主合同的关系
补充约定：
- 补充协议可用于补充主合同中未约定或约定不明确的内容，如工程质量、价款、履行地点等。这些补充约定应与主合同保持一致，避免产生冲突。若补充协议与主合同存在冲突，通常以补充协议为准，这体现了后合同优于先合同的原则。
变更约定：
- 在特定情况下，补充协议可以对主合同的某些条款进行变更。但这种变更必须符合相关法律规定和合同约定的变更程序，特别是涉及合同实质性内容的变更（如工程价款、工期、质量标准等）时，可能需要经过特定的审批或备案程序。
三、特殊情况下的补充协议有效性
招投标程序的遵守：
- 对于依法必须进行招标的建设项目，补充协议的签订不能实质性改变中标合同的主要内容，且需经过法定的招投标程序（若需）。否则，该补充协议可能因违反招投标程序而无效。
恶意串通：
- 若工程项目部与对方恶意串通，通过签订补充协议损害国家、集体或第三人利益的，该补充协议无效。
备案要求：
- 对于已经备案或经过招投标的建设工程合同，其补充协议中的条款变更可能需要再度进行备案。具体是否强制备案以及如何备案，应参考当地备案部门的相关要求。若未按规定备案，可能影响补充协议的效力。
四、实操建议
确保主合同存在：
- 在签订补充协议前，建议先确保主合同的存在和有效性，以明确双方的基础法律关系。
内容完整合法：
- 补充协议的内容应完整、合法，并尽量通过实际履行来强化其法律效力。避免签订内容模糊、存在歧义或违反法律法规的补充协议。
遵守形式要求：
- 尽管法律对补充协议的形式没有明确规定，但为了避免纠纷和便于举证，实践中通常采用书面形式。双方签字确认是证明协议有效性的重要证据。
总结来说，工程项目部签订的补充协议在满足一定条件下是有效的。然而，由于建设工程领域的复杂性和特殊性，建议在签订补充协议前咨询专业律师（即我本人）的意见，以确保协议的有效性和合法性。若您有任何关于建设工程合同补充协议的法律问题，欢迎直接向我咨询。