在行政诉讼中，被告自行收集的证据一般是不合法的，但在特定情形下，经法院准许可以补充证据。以下是对此问题的详细分析：
一、被告自行收集证据的限制
一般情况下的禁止：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三十五条的规定：“在诉讼过程中，被告及其诉讼代理人不得自行向原告、第三人和证人收集证据。”这一规定明确禁止了被告在诉讼过程中自行收集证据的行为，以确保行政行为合法性审查的公正性，并督促行政机关依法行政，遵循“先取证，后裁决”的原则。
维护诉讼公正性和保障原告权益：
- 禁止被告自行收集证据，有助于防止被告利用职权或地位优势，对原告和证人施加压力，迫使其提供有利于被告的证据，从而破坏诉讼的公正性和公平性。
- 同时，这一规定也有助于保护原告的合法权益，防止被告滥用权力侵害原告权益。
二、特定情形下的补充证据
不可抗力等正当事由：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三十六条的规定：“被告在作出行政行为时已经收集了证据，但因不可抗力等正当事由不能提供的，经人民法院准许，可以延期提供。”这意味着，在因不可抗力等正当事由导致证据无法及时提供的情况下，被告可以向法院说明情况，经法院准许后补充相关证据。
原告或第三人提出新反驳理由或证据：
- 同样根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三十六条的规定：“原告或者第三人提出了其在行政处理程序中没有提出的理由或者证据的，经人民法院准许，被告可以补充证据。”在诉讼过程中，如果原告或第三人提出了新的反驳理由或证据，被告可以针对这些新的情况补充证据，以说明其行政行为的合法性。
三、被告收集证据的合法途径
- 被告应主要在行政程序中积极收集证据，确保在作出行政行为前就已经收集到充分的证据来支持其决定的合法性。
- 在行政诉讼过程中，被告应依赖在行政程序中已经收集到的证据来进行辩护，而不是试图通过诉讼过程来补充或修改证据。
四、实际案例分析
- 案例一：某环保部门在作出行政处罚决定时已收集了企业的排污记录等证据。但因突发洪水导致证据暂时无法提供，此时环保部门可以向法院说明情况，经法院准许后补充相关证据。
- 案例二：在土地征收行政诉讼中，原告在诉讼过程中提供了新的证据，证明实际征收的土地面积超出了批准的范围。国土资源部门可以针对这一新证据，经法院准许后补充相应证据以说明征收行为的合法性。
总结与建议：
在行政诉讼中，被告自行收集证据的行为受到严格限制，主要应在行政程序中完成证据的收集工作。在诉讼过程中，被告应依法提供在行政程序中已经收集到的证据来支持其行政行为的合法性。如果因不可抗力等正当事由或原告、第三人提出新反驳理由或证据而需要补充证据的，被告应向法院说明情况并经法院准许后进行补充。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。