结论：单位对于病假超过五天工资要扣是否合法，需结合具体情况判断，若扣除后的工资不低于当地最低工资标准的80%，且符合公司规章制度和劳动合同的约定，则可能是合法的；反之，则不合法。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》及相关规定：
- 我国法律并未直接规定病假期间工资的具体扣除方式，但明确了用人单位应支付劳动者病假期间的工资，并设定了不低于当地最低工资标准80%的底线。
- 原劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》进一步细化了这一规定，指出病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》：
- 该规定明确了医疗期的确定方法，根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限给予三个月到二十四个月的医疗期。
- 在医疗期内，企业应按照国家规定支付职工病假工资，保障其基本生活。
二、公司规章制度与劳动合同角度
有相关约定或规定且合理：
- 若劳动合同中明确约定了病假期间工资的扣除方式，且该约定不违反法律法规；
- 同时，用人单位的规章制度对工资的扣除标准、病假影响工资的具体情形等进行了合理规定，且该规章制度经过了民主程序制定并已向劳动者公示；
- 在这种情况下，按照约定和规定扣除工资可能是合法的。但需注意，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准的80%。
无相关约定或规定不合理：
- 若劳动合同中没有关于病假扣工资的约定，或用人单位的规章制度未明确提及；
- 或虽有规定但该规定明显不合理、不公正（如工资主要考核年度工作成果，而非短期出勤情况）；
- 则扣除工资可能不合法，员工有权要求合理调整工资扣除比例或维护自己的合法权益。
三、公平合理原则
即使存在相关规定，也需考虑扣除工资是否符合公平合理原则。例如，员工平时工作表现良好，仅因突发疾病请假，且已妥善安排工作减少影响，此时扣除过多工资可能显失公平。员工可与用人单位协商调整扣除比例，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁以维权。
四、实际应用建议
- 对于劳动者：在请病假前，应了解并熟悉当地及企业的病假工资支付规定，确保自己的权益不受侵害。如有疑问，可与用人单位明确沟通并了解相关政策规定。若发现单位扣除工资不合法，可及时收集证据，如劳动合同、工资条、病假证明等，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于用人单位：在制定病假工资支付制度时，应严格遵守国家及地方的法律法规，确保支付的病假工资不低于法定标准。同时，应建立健全的病假管理制度，明确病假的申请、审批及工资支付流程，确保制度的合法性和合理性。
总结：单位对于病假超过五天工资要扣是否合法，需结合具体情况判断。员工应了解自己的权益和当地的法律法规，用人单位也应确保规章制度的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。