当下游企业发现上游单位存在虚开发票并被判的情况时，这确实是一个复杂且需要谨慎处理的问题。以下是一套清晰、详细且操作性强的应对策略，旨在帮助下游企业有效应对此类情况，保护自身合法权益。
一、立即响应与初步处理
停止合作并隔离风险：
- 一旦确认上游单位存在虚开发票行为，下游企业应立即中断与其的所有业务往来，防止进一步卷入虚假交易和发票问题，这是切断风险源头的首要步骤。
核实证据并整理资料：
- 迅速核查与上游单位的所有交易记录和发票，包括合同、付款记录、发票、聊天记录等文件，确保掌握充分的证据来证明上游单位的虚开行为。这些证据将在后续的法律程序中发挥关键作用。
向税务机关报告：
- 根据相关法律规定，下游企业有责任向当地税务机关报告上游单位的虚开发票行为。这不仅是履行法律义务的表现，也有助于税务机关及时查处违法行为，维护税收秩序。
二、税务处理与合规性调整
区分业务真实性：
- 若业务真实发生，下游企业应要求上游单位补开或换开符合规定的发票。若无法补开或换开，但能提供充分证明资料（如合同、付款凭证等），则支出仍可在企业所得税税前扣除。
- 若业务不真实发生，下游企业应主动配合税务机关调查，如实说明情况，并提供相关证据和信息。同时，需承担相应法律责任，包括补缴税款、滞纳金及罚款等。
恶意接受虚开发票的后果：
- 如果下游企业在知晓虚开情况后仍继续接受虚开发票，将被视为恶意接受，处罚力度将更大。除了补缴税款、滞纳金和罚款外，还可能面临刑事责任。因此，下游企业必须严格遵守法律法规，避免恶意接受虚开发票。
三、根据具体情况采取应对措施
善意取得虚开发票：
- 若下游企业在不知情的情况下取得虚开发票，且有真实交易背景，通常被视为善意取得。此时，下游企业不需承担偷税或骗取出口退税的责任，但需转出已抵扣的进项税款或补缴相应税款。若能重新取得合法有效发票，可继续抵扣。
非善意取得虚开发票：
- 若下游企业明知或应知上游单位虚开仍接受发票用于税务处理，视为非善意取得。此时，下游企业需补缴税款、滞纳金，并可能面临罚款及刑事责任。因此，下游企业必须加强内部管理，提高风险防范意识，避免非善意取得虚开发票。
四、加强内部管理与风险防控
完善供应商管理：
- 建立严格的供应商筛选机制，进行背景调查，包括信誉、经营状况及纳税记录等。定期评估供应商，及时终止与问题供应商的合作，降低未来再次遭遇虚开发票的风险。
规范财务管理：
- 加强财务人员培训，提高识别发票风险及税务合规能力。建立健全发票管理制度，严格审核发票的真实性、合法性及有效性。确保在选择合作伙伴时能够严格把关，避免与存在虚开发票行为的单位合作。
合同条款审查：
- 仔细审查与上游单位的合同条款，特别是关于发票开具和税务处理的约定。及时发现并解决潜在风险，确保合同的合规性和有效性。
五、维护自身权益
- 如因上游单位虚开发票导致经济损失或声誉损害，下游企业可通过法律途径维权，如提起诉讼或申请仲裁，要求上游单位承担相应的法律责任和经济赔偿。
六、寻求专业法律援助
- 在处理此类复杂问题时，下游企业应及时咨询专业律师。律师可以提供具体的法律意见和指导，帮助下游企业更好地应对挑战，保护自身合法权益。
综上所述，当下游企业发现上游单位虚开发票时，应立即采取行动，包括停止合作、核实证据、向税务机关报告、配合调查以及加强内部管理和风险防控。通过这一系列全面而系统的措施，下游企业可以有效地保护自己免受法律风险和财务损失，确保业务的稳健发展。