关于开除患有重大疾病的员工的赔偿问题，这确实是一个涉及劳动法的重要议题。以下是我根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，为您提供的详细解答：
一、核心原则
首先，需要明确的是，如果用人单位违法开除患有重大疾病的员工，那么需要承担相应的经济赔偿责任。这种赔偿通常是以经济补偿金的二倍来计算的。
二、经济补偿的具体标准
工作年限计算：
- 经济补偿是按照劳动者在本单位的工作年限来计算的。每满一年，用人单位需要支付一个月工资作为经济补偿。
- 如果劳动者在本单位工作六个月以上但不满一年，那么按一年来计算经济补偿；如果工作不满六个月，则支付半个月工资的经济补偿。
月工资定义：
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 如果劳动者的月工资高于所在地市级人民政府公布的上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿金将按照月平均工资的三倍来支付，但最高支付年限不超过十二年。
三、赔偿金的特殊规定
- 如果用人单位违反法律规定解除劳动合同，比如开除正在病假中的员工，那么需要按照上述经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
四、医疗期的特别保护
- 劳动者在患病或非因工负伤的情况下，享有规定的医疗期。在医疗期内，用人单位不得依据《劳动合同法》的相关条款解除劳动合同。
- 医疗期的长短是根据员工的实际参加工作年限和在本单位的工作年限来确定的。例如，实际工作年限十年以下且在本单位工作年限五年以下的员工，医疗期通常为三个月。
五、特殊情况的处理
- 如果员工在病假期间存在严重违反用人单位规章制度等法定过错情形，用人单位有权解除劳动合同，并且不需要支付经济补偿或赔偿金。但这种情况下，用人单位必须能够证明解除行为有充分的事实和法律依据，即员工确实存在过错，并且该过错符合用人单位合法有效的规章制度中可解除劳动合同的情形，同时解除程序也需符合法律规定。
- 如果公司与员工协商解除劳动合同，那么是否需要支付经济补偿则取决于双方的协商结果。
六、实际应用建议
- 在处理开除患有重大疾病的员工的问题时，用人单位应严格遵守《劳动合同法》的相关规定，确保员工的合法权益不受侵害。
- 如果确实需要解除劳动合同，用人单位应先核实员工是否存在法定过错情形，并严格按照法律规定的程序和标准进行操作。
- 用人单位应重视员工的医疗期保护，不得随意在医疗期内辞退员工，以避免面临高额的经济赔偿责任。
综上所述，开除患有重大疾病的员工的赔偿问题涉及多个法律知识点，包括经济补偿、赔偿金、医疗期保护以及特殊情况处理等。用人单位应全面了解并遵守相关规定，以确保自身行为的合法性和合规性。如果您或您的公司面临这样的问题，建议咨询专业的法律人士以获取更具体的指导。