公司发现员工销售吃回扣时，应立即采取以下措施，以合法合规的方式维护自身权益并降低损失：
内部调查与证据固定
- 成立专项调查组：由法务、审计、人力资源等部门组成，确保调查过程客观中立。
- 收集直接证据：包括但不限于合同、付款记录、银行流水、邮件往来、聊天记录、录音录像等，需确保证据合法性（如通过合法手段获取，避免侵犯隐私）。
- 询问相关人员：对涉事员工、上下游合作方、知情同事等进行询问，制作书面笔录并签字确认。
依法处理涉事员工
- 根据情节轻重分类处理：
- 轻微违规：若回扣金额较小且未造成重大损失，可依据公司规章制度给予警告、降薪、调岗等处分，并要求退还非法所得。
- 严重违法：若回扣金额巨大或涉及商业贿赂、职务侵占等犯罪行为，应立即向公安机关报案，并配合调查。
- 解除劳动合同：依据《劳动合同法》第三十九条，员工严重违反公司规章制度或涉嫌犯罪的，公司可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。
完善内部合规体系
- 修订规章制度：明确禁止商业贿赂、利益输送等行为，并设定具体处罚标准，确保制度通过民主程序（如职工代表大会）并公示。
- 加强培训与监督：定期开展合规培训，建立举报机制（如匿名举报渠道），对重点岗位（如销售、采购）实施轮岗或审计。
- 优化业务流程：通过分权审批、公开招标等方式减少个人操作空间，例如要求销售合同需经法务、财务双重审核。
追偿损失与法律救济
- 民事索赔：若公司因员工行为遭受损失（如合同无效、罚款等），可依据《民法典》第一千一百六十五条要求员工赔偿。
- 刑事报案：若涉嫌非国家工作人员受贿罪（刑法第一百六十三条）或职务侵占罪（刑法第二百七十一条），可向公安机关提供证据，追究刑事责任。
- 行政举报：若涉及行贿方（如客户），可向市场监管部门或纪检监察机关举报，形成外部压力。
预防性法律措施
- 签订廉洁协议：与员工、合作方签订《廉洁承诺书》，明确违约责任（如违约金、行业禁入等）。
- 购买董监高责任险：转移管理层因员工违法行为引发的连带赔偿风险。
示例操作流程：
- 发现线索后24小时内启动内部调查；
- 7日内完成证据固定并评估损失；
- 根据评估结果决定是否报案或内部处分；
- 30日内修订制度并开展全员培训。
注意事项：
- 避免以“私了”方式处理，可能构成对违法行为的纵容；
- 调查过程中需保护员工隐私权，避免泄露调查信息；
- 涉及跨国业务时，需考虑不同司法辖区的法律差异（如FCPA、UK Bribery Act）。
如有具体案件细节需要分析，可直接向我提供更多信息，我将进一步结合法律条文与实务经验为您制定方案。