结论：在承包人将工程款债权转让后进行起诉的情况下，发包人能否依据仲裁条款要求返还超付的工程款，这主要取决于债权转让的具体情况以及仲裁条款的适用范围和效力。以下从不同角度进行分析：
一、债权转让的基本情况
债权转让的合法性：
- 根据《民法典》的相关规定，债权人可以将债权的全部或者部分转让给第三人，但有根据债权性质不得转让、按照当事人约定不得转让或依照法律规定不得转让的情形除外。
- 在工程款债权转让中，若该债权不属于上述不得转让的情形，且转让行为符合法律规定的程序和要求，则债权转让是合法的。
债权转让的通知义务：
- 债权人转让债权，应当通知债务人。未经通知，该转让对债务人不发生效力。
- 在工程款债权转让中，承包人（原债权人）应通知发包人（债务人）债权转让的事实，以确保转让对发包人产生法律效力。
二、仲裁条款的适用范围和效力
仲裁条款的独立性：
- 仲裁条款具有独立性，即仲裁条款不因主合同的无效、被撤销或者终止而失去效力。
- 若原合同中包含仲裁条款，且该条款符合法律规定的仲裁协议要件，则仲裁条款对原合同双方具有约束力。
仲裁条款对债权受让人的效力：
- 债权转让后，仲裁条款是否对债权受让人产生效力，取决于债权转让的具体情况以及仲裁条款的具体内容。
- 一般来说，如果仲裁条款明确约定适用于“合同双方及其权利义务继受人”，或者债权受让人在受让债权时明确表示接受仲裁条款的约束，则仲裁条款对债权受让人具有约束力。
- 若仲裁条款未明确约定适用于债权受让人，且债权受让人未明确表示接受仲裁条款的约束，则发包人可能难以直接依据仲裁条款要求债权受让人进行仲裁。
三、发包人能否依据仲裁条款要求返还超付的工程款
若仲裁条款对债权受让人具有约束力：
- 发包人可以依据仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁，要求债权受让人返还超付的工程款。
- 在此情况下，仲裁机构将根据仲裁条款和双方提交的证据，对争议进行裁决。
若仲裁条款对债权受让人不具有约束力：
- 发包人可能无法直接依据仲裁条款要求债权受让人进行仲裁。
- 发包人可以考虑通过诉讼途径解决争议，即向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求债权受让人返还超付的工程款。
- 在此情况下，法院将根据相关法律法规和双方提交的证据，对争议进行审理和判决。
四、建议与注意事项
审查仲裁条款的具体内容：
- 发包人在考虑依据仲裁条款要求返还超付的工程款时，应首先审查仲裁条款的具体内容，包括其适用范围、效力以及是否明确约定适用于债权受让人等。
与债权受让人协商：
- 在可能的情况下，发包人可以与债权受让人进行协商，尝试通过友好方式解决争议，避免不必要的法律纠纷和成本支出。
寻求专业法律帮助：
- 若发包人对仲裁条款的适用范围和效力存在疑问，或者在与债权受让人协商无果的情况下，建议寻求专业律师的法律帮助，以确保自身权益得到有效维护。
总结：发包人能否依据仲裁条款要求返还超付的工程款，取决于债权转让的具体情况以及仲裁条款的适用范围和效力。在处理此类争议时，建议发包人仔细审查仲裁条款的具体内容，并与债权受让人进行协商或寻求专业法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。