公司申请工伤保险缺资料申报不通过，责任需根据具体情况判断，可能涉及公司、员工或第三方机构。具体分析如下：

1. 若因公司未尽到资料收集与提交义务导致申报不通过，责任在公司
   根据《工伤保险条例》及相关规定，用人单位有义务在员工发生工伤后及时收集、整理并提交完整的申报材料（如工伤认定申请表、劳动关系证明、医疗诊断证明等）。若因公司疏忽（如未及时通知员工提交材料、未协助收集关键证据、未按规定流程操作等）导致资料缺失，社保部门不予受理的，责任应由公司承担。此时，公司需补正材料并重新申报，若因延误导致员工无法享受工伤待遇，公司可能需自行承担赔偿责任。

2. 若因员工未配合提供必要资料导致申报不通过，责任可能由员工承担或双方分担
   员工有义务配合公司完成工伤申报，例如提供个人身份证明、医疗记录等。若员工无正当理由拒绝提供资料（如隐瞒病史、拒绝签署申请表等），导致申报失败的，责任可能由员工承担。但若公司未尽到告知义务（如未明确说明需员工配合的事项），或员工因客观原因（如住院无法行动）无法提供资料，则责任可能由双方分担，公司需协助员工解决困难。

3. 若因第三方机构（如医院、鉴定机构）未及时出具资料导致申报不通过，责任在第三方
   若申报需依赖第三方出具的证明（如医疗诊断书、伤残鉴定报告），而第三方因延误、错误或拒绝出具导致资料缺失，责任应由第三方承担。此时，公司可要求第三方补正或出具说明，并向社保部门解释情况。若因第三方过错导致员工权益受损，员工可向第三方主张赔偿。

建议：

• 公司应建立工伤申报流程，明确各环节责任人，确保资料完整提交；
  
• 员工需积极配合公司申报，保留好个人材料（如医疗票据）；
  
• 若发生争议，可向社保部门申请复核，或通过劳动仲裁、诉讼解决。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的责任划分。