在员工与劳务公司签订合同的情况下，发生劳动纠纷时，被告通常是劳务公司，但具体还需根据纠纷性质和实际情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、劳务派遣关系中的法律责任主体
劳务公司作为用人单位的法律责任：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳务派遣单位（即劳务公司）是劳动者的用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，如签订劳动合同、支付劳动报酬、提供劳动条件、缴纳社会保险等。
- 因此，在劳务派遣关系中，如果发生劳动纠纷，如未支付劳动报酬、未缴纳社会保险等，劳动者通常可以直接向劳务公司主张权利，劳务公司作为被告是合理的。
用工单位可能承担的责任：
- 虽然劳务公司是用人单位，但用工单位在劳务派遣关系中也承担一定的责任。例如，用工单位应当按照劳务派遣协议使用被派遣劳动者，不得将被派遣劳动者再派遣到其他用人单位，并应当执行国家劳动标准，提供相应的劳动条件和劳动保护。
- 如果用工单位违反这些规定，导致劳动者权益受损，劳动者也可以向用工单位主张权利。但在大多数情况下，除非用工单位直接侵害了劳动者的权益（如拖欠工资、未提供劳动保护等），否则劳动者通常不会直接将用工单位列为被告。
二、不同纠纷类型下的被告确定
劳动合同纠纷：
- 如果纠纷主要涉及劳动合同的签订、履行、变更、解除或终止等方面，且这些行为主要由劳务公司实施，那么被告通常是劳务公司。
社会保险纠纷：
- 如果纠纷涉及社会保险的缴纳问题，如劳务公司未为劳动者缴纳社会保险或未足额缴纳社会保险等，被告也通常是劳务公司。
工伤赔偿纠纷：
- 在工伤赔偿纠纷中，如果劳动者在用工单位工作期间发生工伤，且劳务公司未依法为劳动者缴纳工伤保险费，那么根据《工伤保险条例》的规定，劳务公司应当承担工伤保险责任。此时，被告是劳务公司。
- 但如果劳务公司已经依法为劳动者缴纳了工伤保险费，且工伤是由用工单位的原因造成的，那么劳动者在获得工伤保险赔偿后，还可以根据实际情况向用工单位主张相应的民事赔偿。不过，在这种情况下，劳动者通常不会直接将用工单位列为工伤赔偿纠纷的被告，而是可能通过其他途径（如协商、调解或另行起诉）来主张权利。
三、特殊情况下的被告确定
劳务公司与用工单位连带责任：
- 在某些特殊情况下，如劳务公司派遣的劳动者在用工单位工作期间因用工单位的原因受到损害，且劳务公司与用工单位在劳务派遣协议中未明确约定赔偿责任的划分，或者劳务公司存在过错（如未对用工单位进行必要的监督和管理）的，劳动者可能可以要求劳务公司和用工单位承担连带责任。此时，被告可能是劳务公司和用工单位两者。
劳务公司违法派遣：
- 如果劳务公司违反法律、法规的规定进行劳务派遣（如未经许可擅自经营劳务派遣业务、将连续用工期限分割订立数个短期劳务派遣协议等），导致劳动者权益受损的，劳动者也可以向劳务公司主张权利，并可能要求相关部门对劳务公司进行处罚。此时，被告是劳务公司。
建议：在发生劳动纠纷时，劳动者应首先明确纠纷的性质和实际情况，然后根据上述分析来确定被告。如果劳动者对法律程序不熟悉或无法确定被告，建议及时咨询专业律师（比如我）以获取更具体的法律建议和帮助。