结论：上班途中发生交通意外，即使对方已经赔钱，您仍然可以且应当申报工伤。这是因为工伤认定和交通事故赔偿是两个独立的法律程序，您可以同时享受这两种权益。
一、法律依据与条件分析
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》第十四条第六款的规定，职工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。这意味着，只要您在上班途中发生的交通事故中不承担主要责任，就有权申请工伤认定。
条件分析：
- 时间条件：事故必须发生在上下班途中，包括合理时间内往返于工作地与住所地、经常居住地等合理路线的途中。
- 责任条件：交通事故的主要责任不在您，而是由对方承担。这是申报工伤的关键条件之一。
- 劳动关系：您必须与用人单位存在劳动关系，无论是正式职工还是存在事实劳动关系的职工。
二、申报流程与注意事项
及时报案并保留证据：
- 发生交通事故后，应立即报警并通知单位。报警有助于获取交通事故责任认定书，这是申报工伤的重要证据之一。
- 保留好相关证据，如交通事故责任认定书、医疗诊断证明、医疗费用发票等。这些证据将用于证明事故的发生、责任划分以及您的伤情和医疗费用支出。
向单位提出工伤认定申请：
- 在事故伤害发生之日起30日内（或一年内，如果用人单位未按规定提出），您可以向所在单位提出工伤认定申请。单位有义务在规定时间内为您提交工伤认定申请。
- 如果单位未在规定时间内提出申请，您可以直接向社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是您的法定权利，不应因单位的不作为而丧失。
配合调查与审核：
- 社会保险行政部门会对您提交的申请材料进行审核，并可能进行调查核实。您需要积极配合调查，提供必要的协助和证明材料。
- 在调查过程中，您应如实陈述事故经过和伤情，不得隐瞒或夸大事实。
享受工伤待遇：
- 一旦您的工伤申请获得批准，您将有权享受相应的工伤待遇，包括医疗费用报销、停工留薪期工资、伤残补助金等。这些待遇将有助于您恢复健康并减轻经济负担。
三、关于第三方赔偿与工伤待遇的关系
双重受益原则：
- 即使已经从肇事方获得了民事赔偿，您仍然有权申请工伤认定并享受工伤待遇。这是基于法律对劳动者权益的双重保护原则。工伤认定和交通事故赔偿是两个独立的法律程序，互不影响。
赔偿项目差异：
- 第三方赔偿和工伤赔偿的项目和标准可能存在差异。例如，工伤赔偿可能包括一次性伤残补助金、一次性医疗补助金等，而第三方赔偿则主要依据侵权责任法进行。因此，在申报工伤时，您应了解并比较两种赔偿的差异，以便更好地维护自己的权益。
避免重复赔偿：
- 虽然原则上可以双重受益，但在实际操作中，应避免对某些项目的重复赔偿。具体处理方式可能因地区和法律规定而异。例如，医疗费用通常只能获得一次赔偿，不能重复主张。因此，在申报工伤时，您应提供准确的医疗费用发票和清单，以便社会保险行政部门进行审核和报销。
四、实际操作建议
及时行动：
- 发生交通事故后，应尽快报警并通知单位。同时，保留好相关证据和资料，以便后续申报工伤和索赔。
了解流程：
- 在申报工伤前，您应了解工伤认定的流程和要求，以便更好地准备申请材料和配合调查。
寻求帮助：
- 如果您在申报工伤过程中遇到困难或疑问，可以随时向我咨询。作为专业律师，我将为您提供详细的法律指导和帮助。
总之，上班途中发生交通意外后，即使对方已经赔钱，您仍然可以且应当申报工伤。通过正确的申请流程和提供必要的材料，您可以享受工伤保险带来的全面保障和双重赔付机制。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。