结论：在自主实习且乙方已签名但第三方协议尚未盖章的情况下，是否可以更换实习医院取决于协议的具体条款以及双方（你和原实习医院）的协商结果。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议条款的约束
协议生效条件：
- 如果协议中明确规定了“协议自双方签字盖章之日起生效”或类似条款，那么在第三方（实习医院）尚未盖章的情况下，协议可能尚未生效。此时，你更换实习医院的行为可能不受该协议的严格约束，但最好还是与原实习医院进行沟通，以避免潜在的纠纷。
- 如果协议中没有明确规定生效条件，或者规定了其他生效条件（如仅需一方签字即可生效），则需要根据具体条款来判断协议是否已生效。
违约责任：
- 即使协议尚未生效，如果协议中包含了关于违约责任的条款，你更换实习医院的行为仍可能构成违约（如果原实习医院认为你的行为违反了协议中的某些约定，如“不得擅自更换实习医院”等）。因此，在决定更换实习医院前，务必仔细阅读协议条款，了解可能的违约责任。
二、双方协商的重要性
与原实习医院的沟通：
- 无论协议是否生效，与原实习医院进行沟通都是非常重要的。你可以向原实习医院说明你的情况（如个人原因、实习安排变化等），并询问是否可以更换实习医院。
- 如果原实习医院同意你更换实习医院，那么你可以按照双方协商的结果进行操作，无需担心违约问题。
与新实习医院的协商：
- 在决定更换实习医院前，你还需要与新实习医院进行协商，确认其是否愿意接收你作为实习生，并了解其实习安排、要求等。
三、法律建议
审查协议条款：
- 在决定更换实习医院前，务必仔细审查协议条款，了解协议是否已生效、是否存在违约责任等关键信息。
与双方协商：
- 与原实习医院和新实习医院进行充分沟通，确保双方都同意你的更换行为，并明确各自的权益和责任。
保留证据：
- 在与双方协商的过程中，务必保留好相关证据（如聊天记录、邮件等），以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 如果你在更换实习医院的过程中遇到任何法律问题或纠纷，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。
最后提醒：在处理此类问题时，务必保持谨慎和理性，避免因一时冲动而引发不必要的法律纠纷。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。