违法主体不清时，一般不能作出行政处罚。行政处罚必须遵循“以事实为依据，以法律为准绳”的原则，这意味着在作出处罚决定前，行政机关必须确保违法事实清楚、证据确实充分，且违法主体明确。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国行政处罚法》第四十条的规定：“公民、法人或者其他组织违反行政管理秩序的行为，依法应当给予行政处罚的，行政机关必须查明事实；违法事实不清、证据不足的，不得给予行政处罚。”这一规定明确指出了行政机关在作出行政处罚决定前，必须查明违法事实，且违法主体必须明确。如果违法主体不清，那么行政机关就无法准确地对违法行为进行归责，也就无法作出有效的行政处罚。

二、法律原则

1. 责任自负原则：行政处罚应当针对具体的违法主体进行，确保责任自负。如果违法主体不清，就无法确定谁应该承担法律责任，这违背了责任自负的原则。
2. 程序正当原则：行政处罚必须遵循正当程序，包括查明事实、收集证据、听取当事人陈述和申辩等。违法主体不清时，这些程序将无法正常进行，导致行政处罚的合法性和公正性受到质疑。

三、实践意义

1. 保护当事人合法权益：违法主体不清时作出行政处罚，可能会误伤无辜，侵犯当事人的合法权益。因此，明确违法主体是保护当事人合法权益的重要前提。
2. 维护法律尊严和权威：行政处罚是维护法律尊严和权威的重要手段。如果违法主体不清时也能作出行政处罚，那么法律的严肃性和公正性将受到损害，导致公众对法律的信任度降低。

四、特殊情况处理

尽管违法主体不清时一般不能作出行政处罚，但在某些特殊情况下，行政机关可能会采取一些临时措施或进一步调查以明确违法主体。例如：

1. 先行登记保存证据：在违法主体不清但存在违法行为嫌疑的情况下，行政机关可以先行登记保存相关证据，以便后续进一步调查。
2. 进一步调查取证：行政机关可以继续深入调查，收集更多相关证据，以澄清事实真相并明确违法主体。
3. 撤销案件或终止程序：如果经过调查后仍然无法明确违法主体，行政机关应当依法撤销案件或终止行政处罚程序。

五、法律后果

如果行政机关在违法主体不清的情况下作出了行政处罚决定，那么该决定可能会面临被撤销或确认违法的风险。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，行政行为主要证据不足的，人民法院可以判决撤销或者部分撤销该行政行为。

建议：在面对违法主体不清的情况时，行政机关应当保持谨慎和审慎的态度，遵循法定程序进行调查取证，确保违法事实清楚、证据确实充分且违法主体明确后再作出行政处罚决定。如果您在行政处罚方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。