针对“行政执法案件无法查清违法主体怎么处理”的问题，以下是我给出的清晰、详细且有深度的解答：

首先，当行政执法案件在调查过程中无法查清违法主体时，执法机关应依据相关法律法规和程序规定，谨慎而公正地作出处理决定。

一、处理原则

1. 依法处理：执法机关必须严格依照法律、法规和规章的规定进行处理，确保处理决定的合法性和正当性。
2. 公正公平：在处理无法查清违法主体的案件时，执法机关应秉持公正公平的原则，不偏袒任何一方，确保处理决定的公正性。
3. 保护权益：执法机关在处理案件时，应充分尊重和保护当事人的合法权益，避免对当事人造成不必要的损害。

二、具体处理措施

1. 不予处罚决定：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》等相关法律的规定，如果治安案件调查结束后，违法事实不能成立，或者依法不予处罚的，执法机关应当作出不予处罚决定。在行政执法案件中，若无法查清违法主体，同样可以参照此规定，作出不予处罚的决定。
2. 继续调查：虽然初步调查未能查清违法主体，但执法机关仍可根据案件情况和需要，继续进行深入调查。通过扩大调查范围、增加调查手段、加强与其他部门的协作等方式，尽可能查清违法主体。
3. 移送处理：在调查过程中，如果发现案件涉嫌犯罪或涉及其他行政部门的职责范围，执法机关应及时将案件移送至有处理权限的机关进行处理。
4. 记录存档：对于无法查清违法主体的案件，执法机关应做好相关记录，并将案件材料存档备查。这既是为了保障当事人的合法权益，也是为了日后可能出现的新的线索或证据提供查证依据。

三、注意事项

1. 程序合法：在处理无法查清违法主体的案件时，执法机关必须严格遵守法定程序，确保处理决定的合法性和有效性。
2. 证据确凿：虽然违法主体无法查清，但执法机关在作出处理决定时，仍应基于确凿的证据和事实进行。避免因为证据不足或事实不清而导致处理决定的错误或不当。
3. 保障权益：在处理过程中，执法机关应充分告知当事人相关权利和义务，确保当事人的知情权、申辩权等得到充分保障。

综上所述，对于行政执法案件无法查清违法主体的情况，执法机关应依法、公正、公平地作出处理决定。通过不予处罚、继续调查、移送处理等措施，确保案件的合法、公正处理。同时，也应注意保障当事人的合法权益和程序的合法性。