针对行政机关程序主体违法的情况，处理方式需结合违法程度、具体情形及法律后果综合判断。以下是具体分析：

1. 确认违法主体与程序环节
   首先需明确违法主体是行政机关本身（如越权执法、未履行法定告知义务）还是其工作人员（如无证执法、违反回避规定），同时锁定违法程序环节（如立案、调查、听证、决定或送达阶段）。例如，若行政机关在作出处罚决定前未依法举行听证，则属于程序违法。

2. 区分违法性质与后果

   • 程序轻微违法但未影响实体权利：根据《行政诉讼法》第74条，若程序违法对原告权利不产生实际影响（如超期送达但当事人已实际知晓内容），法院可能判决确认违法但不撤销行政行为。
     
   • 程序严重违法且损害实体权利：若程序违法直接导致行政行为无效（如未依法取证、违反法定管辖），法院通常判决撤销或部分撤销行政行为，并可责令行政机关重新作出处理。例如，未出示执法证件的行政处罚可能因程序违法被撤销。

3. 救济途径与责任追究

   • 行政相对人救济：
     
     • 复议：向上一级行政机关或法定复议机构申请行政复议，要求撤销或变更违法行政行为。
       
     • 诉讼：直接向法院提起行政诉讼，主张程序违法并请求判决确认无效、撤销或赔偿。
       
   • 行政机关内部追责：
     
     • 对直接负责的主管人员和其他责任人员，依法给予警告、记过、记大过、降级、撤职或开除等处分（《行政机关公务员处分条例》第20条）。
       
     • 若程序违法构成犯罪（如滥用职权、玩忽职守），依法追究刑事责任。

4. 特殊情形处理

   • 程序补正：若违法程序可事后补正（如未加盖公章但能证明文件真实性），行政机关可在复议或诉讼中补正，但需以不损害相对人权益为前提。
     
   • 信赖保护：若相对人已基于对行政行为的信赖产生合理支出（如办理许可证后因程序违法被撤销），行政机关可能需承担补偿责任（《行政许可法》第76条）。

建议：若您遇到行政机关程序违法情形，建议立即收集证据（如执法文书、录音录像、证人证言），并在知道行政行为之日起60日内申请复议或6个月内提起诉讼。具体操作可进一步向我咨询，我将结合您的案件细节提供针对性方案。