结论：公司被虚开发票后，一般不是直接找检察院，而是应先向税务机关举报，由税务机关进行调查处理。若虚开发票行为涉嫌犯罪，税务机关会将案件移送公安机关立案侦查，此时检察院会依法介入审查起诉等环节。

详细分析：

1. 税务机关的职责与处理流程：

   • 当公司发现被虚开发票时，首先应当向当地税务机关进行举报。税务机关是负责税收征管和发票管理的专门机关，具有对虚开发票行为进行调查、认定的法定职责。
   • 税务机关在接到举报后，会依法展开调查，收集相关证据，确认是否存在虚开发票的行为。如果确认存在，税务机关会根据虚开发票的金额、情节等因素，对涉事方进行税务处理，如补缴税款、加收滞纳金、罚款等。

2. 刑事犯罪的移送与检察院的介入：

   • 如果虚开发票的行为涉嫌犯罪，如虚开增值税专用发票罪等，税务机关在调查完毕后，会将案件移送公安机关立案侦查。
   • 公安机关在立案后，会依法进行侦查，收集犯罪证据，查明犯罪事实。在这个过程中，检察院可能会根据需要提前介入，引导侦查，确保案件的顺利办理。
   • 当公安机关侦查终结，认为犯罪事实清楚，证据确实充分时，会将案件移送检察院审查起诉。检察院在审查起诉阶段，会对案件进行全面审查，包括犯罪事实、证据、法律适用等，决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉。

3. 公司的应对策略与注意事项：

   • 公司在发现被虚开发票后，应积极配合税务机关的调查，提供必要的证据和资料，以便税务机关尽快查明事实。
   • 如果公司认为虚开发票行为已经涉嫌犯罪，也可以直接向公安机关报案，但通常建议先向税务机关举报，由税务机关进行初步调查和认定。
   • 在整个过程中，公司应注意保护自身的合法权益，避免因为虚开发票行为而遭受不必要的损失。例如，如果公司因为虚开发票而被税务机关处罚或面临刑事诉讼，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼、刑事辩护等。

法律建议：

• 公司在日常经营中，应加强对发票的管理和审核，确保发票的真实性和合法性。避免因为疏忽或管理不善而陷入虚开发票的纠纷中。
• 如果公司确实被虚开发票了，不要慌张，及时咨询专业律师（如我，刘季锋律师，专注于婚姻家庭、经济纠纷领域），了解自身的权利和义务，以及应对策略。
• 在整个处理过程中，公司应保持与税务机关、公安机关和检察院的沟通联系，及时了解案件的进展情况，并根据需要提供必要的协助和配合。