员工合同到期但仍在缴纳社保是合法的，以下我将从法律依据、常见情形以及注意事项三个方面为您详细解释：
法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同期满并不必然导致劳动关系的终止。如果用人单位继续为劳动者缴纳社会保险费，这通常被视为双方劳动关系在事实上得以延续的一种表现。同时，《中华人民共和国社会保险法》也明确规定了用人单位有为职工缴纳社会保险费的义务，这一义务并不因劳动合同的期满而自动解除。因此，只要用人单位与劳动者之间存在事实上的劳动关系，并且符合社保缴纳的相关规定，那么继续缴纳社保就是合法的。
常见情形
合同续签过程中：在劳动合同即将到期时，双方可能正在就续签事宜进行协商。为了保障员工的权益，用人单位可能会选择继续为员工缴纳社保，直到续签合同完成。
无固定期限劳动合同或事实劳动关系：如果双方已经形成了无固定期限劳动合同关系，或者虽然未签订书面合同但存在事实劳动关系（例如员工继续工作且用人单位未提出异议），那么用人单位有义务继续为员工缴纳社保。
特殊行业或岗位：对于某些特殊行业或岗位，如季节性用工、非全日制用工等，可能存在劳动合同期限较短但社保缴纳持续的情况。这通常取决于双方的约定以及相关法律法规的规定。
注意事项
及时续签合同：为了避免不必要的纠纷和风险，建议双方在劳动合同到期前及时就续签事宜进行沟通，并达成一致意见。这样可以确保劳动关系的明确性，并保障双方的权益。
明确社保缴纳责任：在续签合同或形成事实劳动关系的过程中，双方应明确关于社保缴纳的责任和义务。这包括缴纳的比例、基数、时间等具体细节，以确保员工的社保权益得到切实保障。
保留相关证据：用人单位应妥善保管好与员工签订的劳动合同、社保缴纳记录等相关证据材料。这些材料在发生纠纷时可以作为重要的法律依据，帮助双方解决问题。
综上所述，员工合同到期但仍在缴纳社保是合法的，但双方应确保劳动关系的明确性，并明确社保缴纳的责任和义务，以保障双方的权益。