结论：公司要将现有工资分一部分出来作为绩效考核工资是否合法，这取决于多个因素，包括劳动合同的约定、公司规章制度的合法性、员工的同意情况以及实际收入是否受到影响等。以下是对此问题的详细分析：
一、合法的情况
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中已经明确规定了绩效工资的相关条款，比如工资构成中包含固定部分和绩效部分，且被扣除的工资部分作为绩效考核的一部分，在员工达成特定绩效目标后再行发放，这种做法通常是合法的。因为这是基于双方自愿、平等的基础上达成的协议，符合《劳动合同法》的相关规定。
规章制度合法有效且员工知晓同意：
- 公司规章制度中如果详细规定了绩效工资的考核标准、发放方式等，并且这些规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论）并公示，同时员工也知晓并同意了这些规定，那么公司将部分工资作为绩效工资来发放同样合法。这要求公司在制定规章制度时遵循法定程序，并确保员工充分了解其内容。
未降低劳动者实际收入：
- 即便实施了绩效工资制度，公司也应确保员工的实际收入不因此明显降低。如果调整后的工资结构导致员工在正常工作情况下的实际收入减少，且这种减少缺乏合理依据，那么该调整可能被视为不合法。例如，如果员工原本每月固定工资为5000元，调整后固定工资变为3000元，绩效工资2000元，但绩效工资的获取条件非常苛刻，导致员工实际收入经常低于5000元，那么这种调整就可能不合法。
二、不合法的情况
未经民主程序和协商一致：
- 如果公司未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商，也未取得劳动者的书面同意，就擅自将原工资扣除一部分作为绩效工资，这种行为违反了《劳动合同法》的相关规定，侵犯了员工的合法权益。
违反最低工资标准：
- 无论工资结构如何调整，公司支付给员工的工资都不能低于当地最低工资标准。如果实施绩效工资制度后，员工在正常提供劳动的情况下实际到手的工资低于当地最低工资标准，这种做法是违法的。例如，当地最低工资标准为2000元/月，但公司调整后的工资结构导致员工实际收入经常低于这个标准，那么就违反了最低工资标准的规定。
单方面变更劳动合同：
- 劳动合同是双方自愿达成的协议，任何一方不得单方面变更其内容。如果公司未经与员工协商一致就擅自改变工资结构，将原工资扣除一部分作为绩效工资，这种行为同样违法。
三、员工权益保护建议
- 如果员工认为公司的绩效工资制度不合法或自己的合法权益受到侵害，可以首先与公司进行协商解决，表达自己的诉求和理由。
- 如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
- 员工还可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益，劳动仲裁机构会根据相关法律法规和事实情况作出裁决。
四、实际操作中的注意事项
- 公司在实施绩效工资制度前，应确保已经与员工进行了充分的沟通和协商，并取得了员工的书面同意。
- 公司应制定合法有效的规章制度，明确绩效工资的考核标准、发放方式等，并确保这些规章制度已经过民主程序制定并公示。
- 公司在调整工资结构时，应确保员工的实际收入不因此明显降低，并遵守当地的最低工资标准规定。
综上所述，公司将现有工资分一部分出来作为绩效考核工资的合法性取决于多个因素的综合考量。为确保制度的合法性，公司应严格遵守相关法律法规，制定合法有效的规章制度，并与员工进行充分的沟通和协商。同时，员工也应了解自己的合法权益，并在必要时采取相应措施进行维权。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。