公司拿出原本薪资的一部分做绩效是否合法，需分情况讨论：
一、合法的情况
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中已经明确规定了绩效工资的相关条款，比如说明某部分工资将作为绩效工资，根据员工的工作表现进行发放，那么这种做法是合法的。因为这是基于双方自愿、平等的基础上达成的协议，符合《劳动合同法》的相关规定。
规章制度合法有效且员工知晓同意：
- 如果公司的规章制度中详细规定了绩效工资的考核标准、发放方式等，并且这些规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，同时员工也知晓并同意了这些规定，那么公司将部分工资作为绩效工资来发放也是合法的。
未降低劳动者实际收入：
- 即便实施了绩效工资制度，公司也应确保员工的实际收入不因此明显降低。如果调整后的工资结构，在员工正常工作情况下，其实际收入并未减少，或者减少有合理依据（如市场变化、公司经营状况等），那么这种调整是合法的。
二、不合法的情况
未经民主程序和协商一致：
- 如果公司未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商，也未取得劳动者的书面同意，就擅自将原工资扣除一部分作为绩效工资，这种行为违反了《劳动合同法》的相关规定，侵犯了员工的合法权益。
违反最低工资标准：
- 无论工资结构如何调整，公司支付给员工的工资都不能低于当地最低工资标准。如果实施绩效工资制度后，员工在正常提供劳动的情况下实际到手的工资低于当地最低工资标准，这种做法是违法的。
单方面变更劳动合同：
- 劳动合同是双方自愿达成的协议，任何一方不得单方面变更其内容。如果公司未经与员工协商一致就擅自改变工资结构，将原工资扣除一部分作为绩效工资，这种行为同样违法。
三、员工应对策略
与公司协商：
- 如果员工认为公司的绩效工资制度不合法或自己的合法权益受到侵害，可以首先与公司进行协商解决。在协商过程中，员工可以明确表达自己的诉求和理由，要求公司给出合理的解释和解决方案。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查和处理，保护员工的合法权益。
申请劳动仲裁：
- 员工还可以选择申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动仲裁是一种法律程序，通过仲裁委员会的裁决来解决劳动争议。如果员工对仲裁结果不满意，还可以进一步向法院提起诉讼。
总结来说，公司拿出原本薪资的一部分做绩效是否合法，取决于劳动合同的约定、公司规章制度的合法性、员工是否知晓并同意以及实际收入是否降低等多个因素。如果员工认为自己的合法权益受到侵害，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。