结论前置：在职期间申请劳动仲裁，公司是否需要承担在职工资，这主要取决于劳动仲裁的具体事项以及公司的行为是否合法合规。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动仲裁事项与公司支付工资的关系：

   • 如果劳动仲裁的事项是围绕工资支付、加班费、奖金等劳动报酬问题，且仲裁裁决或调解结果认定公司存在未支付或未足额支付工资的情况，那么公司自然需要承担支付在职工资的责任。
   • 如果劳动仲裁的事项并非直接涉及工资支付，比如是关于劳动合同解除、保密协议、竞业限制等，那么公司是否需要支付在职工资将取决于这些事项的处理结果以及是否影响了工资的支付。

2. 公司行为合法性对工资支付的影响：

   • 如果公司存在违法行为，如未按照劳动合同约定支付工资、拖欠工资等，那么在职期间申请劳动仲裁时，公司不仅需要承担支付在职工资的责任，还可能面临劳动行政部门的处罚。
   • 如果公司行为合法合规，且劳动仲裁的事项与公司支付工资无直接关联，那么公司可能不需要因劳动仲裁而额外支付在职工资。但需注意，即使公司行为合法，如果仲裁过程中或仲裁后公司决定解除劳动合同，仍需按照法律规定支付经济补偿金（如适用）和在职期间的工资。

3. 特殊情况下的工资支付：

   • 在职期间，如果员工因公司违法行为（如未提供劳动条件、未支付劳动报酬等）而申请劳动仲裁，并在此期间选择继续工作，公司应继续支付工资，直至劳动合同解除或仲裁结果出来。
   • 如果员工在申请劳动仲裁后选择停工或离职，工资支付将受到劳动合同解除时间、停工原因等因素的影响。一般来说，如果员工无正当理由停工，公司可能不需要支付停工期间的工资；但如果停工是由于公司违法行为导致，公司仍需承担相应责任。

法律建议：

• 对于员工而言，如果认为公司存在未支付或未足额支付工资等违法行为，应及时收集证据并申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，应严格遵守劳动法律法规，确保工资支付的合法性和及时性，避免因此引发劳动仲裁或诉讼。

可能法律后果：

• 如果公司未按照仲裁裁决或调解结果支付在职工资，员工可以向人民法院申请强制执行，公司可能面临财产被查封、冻结等法律后果。
• 如果公司行为构成违法，还可能受到劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。

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