结论前置：公司拖欠工资时，劳动者完全可以在职期间申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。下面我将从法律依据、申请条件、申请流程以及注意事项等多个角度为你详细分析。
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，因劳动报酬发生的争议属于劳动争议范畴。因此，当公司拖欠工资时，劳动者有权依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。这一规定为劳动者在职期间申请劳动仲裁提供了明确的法律依据。
二、申请劳动仲裁的条件
- 存在劳动关系：劳动者与公司之间存在合法的劳动关系，这是申请劳动仲裁的前提。即使劳动者在职期间，只要与公司存在劳动关系，就有权申请劳动仲裁。
- 有明确的被申请人：即明确拖欠工资的公司或用人单位。
- 有具体的仲裁请求和事实理由：劳动者需要明确提出要求支付拖欠工资的仲裁请求，并提供相关的事实和证据来支持其主张。例如，可以提供劳动合同、工资条、银行流水等证据来证明公司拖欠工资的事实。
- 在法定时效内提出：劳动仲裁的申请时效一般为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应在知道或应当知道公司拖欠工资之日起一年内提出仲裁申请。
三、申请劳动仲裁的流程
- 提交申请书：劳动者需向当地劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请书，并按照被申请人数提交副本。申请书应载明劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务；仲裁请求和所根据的事实、理由；以及证据和证据来源、证人姓名和住所。
- 仲裁委员会受理：仲裁委员会在收到申请书后，会进行审查并决定是否受理。如果决定受理，会在规定时间内通知双方当事人。
- 开庭审理：仲裁委员会会安排开庭时间，双方当事人需按时出庭参加庭审。在庭审中，劳动者可以陈述自己的诉求和事实理由，并提供相关证据。即使劳动者在职期间，也有权参加庭审并维护自己的权益。
- 作出裁决：仲裁委员会会根据庭审情况和相关法律法规作出裁决。如果裁决支持劳动者的诉求，公司需在规定时间内支付拖欠的工资。
四、注意事项
- 保留证据：劳动者在申请劳动仲裁前，应尽可能收集并保留与拖欠工资相关的证据，如劳动合同、工资条、银行流水等。这些证据将有助于劳动者在仲裁过程中证明自己的主张。
- 及时申请：劳动者应在知道或应当知道自己的权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，以免错过法定时效。即使劳动者在职期间，也应密切关注自己的工资发放情况，一旦发现公司拖欠工资，应及时申请劳动仲裁。
- 了解程序：劳动者在申请劳动仲裁前，应了解相关的法律程序和规定，以便更好地维护自己的权益。例如，可以了解仲裁委员会的受理范围、审理期限等规定，以便在申请过程中做到心中有数。
五、特殊情况说明
如果公司在劳动者申请劳动仲裁后补发了拖欠的工资，劳动者仍然有权继续仲裁程序以主张其他权益，如经济补偿金或赔偿金等。具体来说：
- 经济补偿金：如果劳动者因公司拖欠工资而解除劳动合同，根据《劳动合同法》的规定，劳动者有权要求公司支付经济补偿金。经济补偿金的标准按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 赔偿金：如果劳动行政部门曾责令公司限期支付工资而公司逾期不支付，根据《劳动合同法》的规定，公司需按应付金额的百分之五十至百分之一百向劳动者加付赔偿金。劳动者在申请仲裁时，可以一并主张这一权益。
综上所述，公司拖欠工资时，劳动者完全可以在职期间申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。