结论前置：公司只签劳动协议（这里假设您指的是非标准劳动合同的其他协议形式，如劳务协议等）是否违法，主要取决于公司与员工之间实际建立的是何种关系。若双方实际为劳动关系而公司故意签订非标准劳动合同以逃避法律责任，则是违法的；若双方确实为劳务关系或其他非劳动关系，则签订相应协议可能是合法的。
一、劳动关系下签订非标准劳动合同的违法性
劳动关系的判断标准：
- 劳动者受公司的劳动管理，遵守公司的规章制度；
- 劳动者从事公司安排的有报酬的劳动；
- 劳动者提供的劳动是公司业务的组成部分。
违法后果：
- 若公司与劳动者实际上构成劳动关系，但公司为了逃避缴纳社会保险、支付加班费等法定义务，故意与劳动者签订非标准劳动合同（如劳务协议），此行为被视为违法。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，需向劳动者每月支付二倍的工资作为赔偿。
- 公司还需依法为劳动者补缴社会保险费，支付加班费、经济补偿金等。
实际案例：
- 假设某公司雇佣了一名全职员工，但与其签订的是劳务协议，且该员工受公司严格管理，从事公司核心业务工作。在此情况下，即使签订的是劳务协议，劳动仲裁机构或法院也可能根据实际情况认定双方存在劳动关系，并要求公司承担相应的法律责任。
二、非劳动关系下签订相应协议的合法性
非劳动关系的特征：
- 劳务关系：通常是平等主体之间就劳务事项进行的约定，提供劳务者一般自行安排工作时间和工作方式，不受用工单位的严格管理，劳务报酬根据双方约定的劳务成果来支付。
- 其他非劳动关系：如承揽关系、合作关系等，也有各自的特征和法律规定。
常见情形：
- 公司临时聘请退休人员、在校学生进行短期的劳务工作；
- 请外部的自由职业者完成特定项目；
- 与其他公司或个体工商户建立承揽关系或合作关系。
合法性说明：
- 在上述情形下，由于双方之间不存在劳动关系，而是基于平等自愿原则建立的其他法律关系，因此签订相应协议（如劳务协议、承揽合同等）是符合法律规定的。
三、公司应如何合规操作
明确关系性质：
- 公司在与员工或合作方建立关系前，应明确双方的关系性质，确保签订合适的协议。
合规管理：
- 对于确为劳动关系的员工，公司应依法与其签订书面劳动合同，并遵守劳动法律法规的规定。
- 对于确为非劳动关系的合作方，公司应确保其工作内容、报酬等事项符合相应协议的规定，并避免将其视为劳动关系进行管理。
法律风险防范：
- 公司应定期对用工关系进行审查，确保不存在违法用工的情况。
- 在涉及复杂用工关系时，公司应及时咨询专业律师，以确保合规操作并降低法律风险。
总结与建议：公司只签非标准劳动合同是否违法，不能仅凭合同名称来判断，而应依据双方之间的实际工作关系和权利义务来确定。如果实际构成劳动关系，公司应依法与劳动者签订劳动合同并承担相应责任；如果双方为非劳动关系，则签订相应协议是合法的。在实际操作中，公司应准确识别与员工或合作方的法律关系，以避免潜在的法律风险。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。