请假扣工资超过当天工资一般是不合法的，但具体是否合法还需结合请假类型、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、从法律法规角度
根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
这一规定主要针对的是因劳动者原因给用人单位造成经济损失的情况，而请假本身并不直接等同于给用人单位造成经济损失。在一般情况下，请假是劳动者的合法权利，公司不能随意扣除工资，更不能扣除超过当天工资的数额。如果公司规章制度或劳动合同中有关于请假扣工资的规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么可以按照规定执行，但扣除的工资数额也应合理，不能超过法定限度。
二、从请假类型角度
事假：事假通常是无薪的，即员工请事假期间，公司可以不支付工资。但公司不能因此额外扣除员工其他时间的工资，更不能扣除超过当天应得工资的数额。如果公司规章制度中规定事假扣除工资的比例或数额过高，可能涉嫌违法。
病假：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有病假工资或疾病救济费。病假工资的支付标准通常不低于当地最低工资标准的80%。因此，公司不能随意扣除病假期间的工资，更不能扣除超过当天应得工资的数额。
年假、婚假、产假等法定假期：这些假期是员工的法定权利，公司应当按照正常工资标准支付工资。公司不能因员工请这些假期而扣除工资，更不能扣除超过当天应得工资的数额。
三、从公司规章制度角度
公司规章制度是公司内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的强制性规定。如果公司规章制度中关于请假扣工资的规定违反了法律法规的强制性规定，那么该规定是无效的。员工有权拒绝执行，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
四、建议与行动
审查公司规章制度：首先，你可以仔细审查公司的规章制度，特别是关于请假扣工资的规定。如果发现规定违法或不合理，可以向公司提出异议。
与公司协商：如果公司坚持扣除超过当天工资的数额，你可以尝试与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例说明：假设你一天的工资是200元，公司规章制度规定请事假一天扣除300元工资。这一规定显然违反了法律法规的强制性规定，因为扣除的工资数额超过了当天应得工资。在这种情况下，你有权拒绝执行该规定，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总之，请假扣工资超过当天工资一般是不合法的。如果你遇到这种情况，不要慌张，可以按照上述建议采取行动，维护自己的合法权益。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。