结论：公司扣员工商保120元是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合相关法律法规的规定以及是否经过员工的同意。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规角度
社会保险的缴纳规定：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，社会保险（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险）的缴纳是由用人单位和员工共同承担的，且缴纳比例和基数都有明确规定。
- 商业保险（商保）并不属于社会保险范畴，因此，公司不能强制要求员工缴纳商业保险费用，除非该费用是作为员工福利的一部分，并且得到了员工的明确同意。
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位应当按时足额支付员工工资，不得克扣或者无故拖欠。
- 如果公司未经员工同意，擅自从员工工资中扣除商保费用，这可能构成克扣工资的行为，是违法的。
二、员工同意角度
自愿缴纳原则：
- 如果公司希望员工缴纳商保费用，应当遵循自愿原则，即员工有权选择是否缴纳，以及缴纳的金额和方式。
- 公司不能通过强制手段（如从工资中扣除）要求员工缴纳商保费用，除非员工事先明确同意。
书面同意的重要性：
- 为了避免纠纷，公司最好与员工签订书面协议，明确商保费用的缴纳方式、金额以及双方的权利义务。
- 书面协议可以作为双方协商一致的证据，有助于在发生纠纷时维护双方的合法权益。
三、实际操作建议
公司角度：
- 如果公司希望为员工提供商保福利，应当事先与员工沟通并征得同意。
- 可以考虑将商保费用作为员工福利的一部分，由公司承担或部分承担，以增强员工的归属感和满意度。
- 如果确实需要员工承担部分费用，应当明确告知员工并签订书面协议。
员工角度：
- 如果公司未经同意擅自扣除商保费用，员工有权向公司提出异议并要求退还。
- 如果公司拒绝退还或协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结与建议：公司扣员工商保120元是否合法，关键在于是否符合相关法律法规的规定以及是否经过员工的同意。如果公司未经员工同意擅自扣除商保费用，这是违法的行为。因此，建议公司在处理此类问题时务必遵循法律法规和自愿原则，与员工进行充分沟通并签订书面协议。如果员工遇到此类问题，也可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。