结论：店铺关门后员工工资被扣，员工是可以起诉的。以下从多个角度为你详细分析：

法律背景与依据

从法律层面来讲，员工与店铺之间建立了劳动关系，店铺作为用人单位，有义务按照劳动合同的约定和国家法律法规的规定，及时足额支付员工工资。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”店铺关门并不是克扣员工工资的合法理由，如果店铺存在克扣工资的行为，就违反了上述法律规定，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。

起诉前的准备

1. 收集证据：员工需要收集能够证明自己与店铺存在劳动关系以及店铺克扣工资的证据。例如劳动合同，这是证明劳动关系最直接的证据；工资条、银行工资流水记录，可以清晰地显示工资的发放情况和被克扣的金额；考勤记录，能证明员工的工作时间和出勤情况，与工资计算相关；如果有与店铺负责人或财务人员关于工资问题的沟通记录，如短信、微信聊天记录、邮件等，也可以作为证据使用。
2. 确定被告主体：如果店铺是个体工商户，那么被告就是个体工商户的经营者；如果店铺是公司，被告就是该公司。需要明确被告的准确名称、地址、法定代表人等信息，以便在起诉时能够准确填写相关法律文书。

起诉流程

1. 撰写起诉状：起诉状应当包括原告（员工）和被告（店铺或经营者、公司）的基本信息、诉讼请求（如要求支付被克扣的工资及可能的经济补偿等）、事实与理由（详细说明店铺关门以及克扣工资的情况）等内容。
2. 提交起诉材料：将起诉状以及收集到的证据材料一并提交到有管辖权的人民法院。一般来说，劳动争议案件由用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院管辖。
3. 立案与审理：法院会对起诉材料进行审查，符合立案条件的会予以立案，并通知双方当事人。之后会安排开庭审理，在庭审过程中，双方当事人可以陈述自己的观点和意见，出示证据，进行辩论等。法院会根据双方提供的证据和法律规定，作出判决。

可能的法律后果

如果员工起诉后，法院经审理认定店铺确实存在克扣工资的违法行为，那么店铺需要承担相应的法律责任。除了要支付被克扣的工资外，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条规定，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的……所以，店铺还可能需要向员工支付一定比例的赔偿金。

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