结论：单位在员工请假时间长的情况下，直接按旷工处理是否合法，需根据具体情况判断，包括请假是否符合公司规定、是否经过合法审批流程、公司规章制度是否合法有效等。以下从不同角度进行分析：

1. 请假制度与旷工认定

   • 公司规章制度：首先，需要查看公司的规章制度中关于请假和旷工的具体规定。如果公司规章制度明确规定了请假的流程、期限以及旷工的认定标准，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权依据这些规定对员工进行处理。
   • 请假审批：员工请假通常需要经过一定的审批流程。如果员工未按照公司规定进行请假，或者请假未得到批准而擅自离岗，公司有权将其视为旷工。但在此情况下，公司应确保审批流程的公正性和合理性，避免滥用权力。

2. 旷工处理的合法性

   • 合法解除劳动合同：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工严重违反公司规章制度的，公司有权解除劳动合同。如果员工长时间请假未获批准且未到岗工作，被认定为旷工，且旷工行为达到公司规章制度中规定的严重程度，公司可以依法解除劳动合同。但在此过程中，公司应确保解除劳动合同的程序合法，如提前通知员工、听取员工申辩等。
   • 违法解除的后果：如果公司未经合法程序或未依据合法有效的规章制度，仅因员工请假时间长就直接按旷工处理并解除劳动合同，可能构成违法解除。根据《劳动合同法》的规定，违法解除劳动合同的，员工有权要求公司支付赔偿金或继续履行劳动合同。

3. 特殊情况下的处理

   • 医疗期：如果员工因病需要长时间请假，且符合医疗期的相关规定，公司应给予员工医疗期，并在医疗期内不得解除劳动合同。医疗期满后，如果员工仍不能从事原工作或另行安排的工作，公司可以依法解除劳动合同，但应支付经济补偿。
   • 事假与年休假：员工因私事需要长时间请假，可以申请事假或年休假。如果公司未批准事假但员工仍擅自离岗，可能构成旷工；但如果员工有未休的年休假且符合使用条件，公司应安排员工休年休假，而非直接按旷工处理。

4. 建议与措施

   • 员工角度：员工在请假前应了解公司的规章制度和请假流程，确保请假符合规定并经过合法审批。如遇公司不合理处理，可以与公司协商或向劳动监察部门投诉。
   • 公司角度：公司应制定合法有效的规章制度，明确请假的流程、期限以及旷工的认定标准。在处理员工请假和旷工问题时，应确保程序合法、公正合理，避免滥用权力或侵犯员工权益。

总结：单位在员工请假时间长的情况下直接按旷工处理是否合法，需根据具体情况判断。员工应了解并遵守公司的规章制度和请假流程；公司应制定合法有效的规章制度并确保处理程序的合法性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。