结论：公司用员工身份注册公司这一行为是否违法，不能一概而论，需根据具体情况来判断。
分析如下：
若员工不知情或未同意：
- 如果公司未经员工同意，擅自使用其身份信息进行公司注册，这明显侵犯了员工的姓名权和身份权。员工有权要求公司停止侵权行为，并可能因此要求公司承担相应的法律责任，包括赔偿损失等。
- 从公司法角度，这种行为也可能构成虚假注册或欺诈注册，违反了公司登记管理的相关规定，公司及相关责任人员可能面临行政处罚，甚至刑事责任。
若员工知情并同意：
- 即使员工知情并同意公司使用其身份进行注册，这一行为也可能存在法律风险。因为员工作为名义上的股东或法定代表人，实际上并不参与公司的经营管理，也不承担相应的风险和责任。一旦公司出现法律问题，如债务纠纷、违法经营等，名义上的股东或法定代表人可能会被牵连其中，承担不必要的法律责任。
- 对于公司而言，使用员工身份注册也可能导致公司治理结构混乱，影响公司的正常运营和长期发展。例如，如果名义上的股东或法定代表人与实际控制人之间产生矛盾，可能会引发公司内部的权力斗争，甚至导致公司解散或破产。
特殊情况下的考虑：
- 在某些特殊情况下，如员工自愿作为名义股东或法定代表人，并明确知晓相关风险和责任，且与公司之间有明确的协议约定，那么这种行为可能在一定程度上得到法律的保护。但即便如此，也仍然存在潜在的法律风险，需要谨慎对待。
法律建议：
- 对于公司而言：应严格遵守公司登记管理的相关规定，使用真实、合法的身份信息进行公司注册。如果确实需要借助员工身份进行注册，应事先与员工进行充分沟通，明确双方的权利和义务，并签订书面协议以规避潜在的法律风险。
- 对于员工而言：在同意公司使用其身份进行注册前，应充分了解相关风险和责任，并谨慎考虑是否接受。如果决定接受，应与公司签订书面协议，明确双方的权利和义务，以保护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司未经员工同意使用其身份注册，员工有权向公司登记机关投诉或提起诉讼，要求公司停止侵权行为并赔偿损失。
- 公司及相关责任人员可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等；情节严重的，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
总之，公司用员工身份注册公司这一行为存在诸多法律风险和问题，需要谨慎对待。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。