结论：一个月累计迟到62分钟，按员工手册扣一百绩效是否合理，不能一概而论，需要结合员工手册的具体规定、公司规章制度制定的合法性以及迟到行为与扣绩效之间的合理性等多个角度来综合判断。
分析角度及解答：
员工手册的具体规定：
- 首先，需要查看员工手册中关于迟到和绩效扣除的具体规定。如果员工手册明确规定了迟到累计达到一定时间（如60分钟或以上）将扣除一定数额的绩效（如100元），并且这一规定在员工入职时已经明确告知并得到了员工的确认，那么从合同约定的角度来看，这一扣除可能是合理的。
公司规章制度制定的合法性：
- 其次，需要考察公司规章制度的制定是否合法。根据《劳动合同法》等相关法律法规，公司规章制度应当经过民主程序制定，并且不得违反法律法规的强制性规定。如果员工手册的制定过程符合这些要求，且内容合法，那么其中的规定对员工具有约束力。
迟到行为与扣绩效之间的合理性：
- 再次，需要评估迟到行为与扣绩效之间的合理性。虽然迟到是一种违反公司规章制度的行为，但扣除绩效应当与迟到行为的严重程度相匹配。如果迟到62分钟就扣除100元绩效，需要判断这一扣除是否过于严厉，是否超出了合理范围。这通常需要考虑公司的行业特点、工作性质、员工工资水平等因素。
- 合理性判断示例：假设员工月工资为5000元，迟到62分钟扣除100元绩效，相当于扣除了月工资的2%。如果这一扣除比例在行业内属于合理范围，且公司能够证明迟到行为对公司运营造成了相应损失，那么这一扣除可能是合理的。反之，如果扣除比例过高或公司无法证明迟到行为造成了相应损失，那么这一扣除可能就不合理。
员工权益保护：
- 最后，需要提醒员工注意保护自己的合法权益。如果员工认为公司的扣除行为不合理或违法，可以向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。在处理此类纠纷时，员工应当保留好相关证据（如员工手册、工资条、考勤记录等），以便在需要时证明自己的主张。
建议：
- 对于公司而言，在制定员工手册和规章制度时，应当确保内容的合法性和合理性，并明确告知员工相关规定。同时，在处理员工迟到等违纪行为时，应当遵循公平、公正、合理的原则，避免过度处罚或侵犯员工权益。
- 对于员工而言，在入职时应当仔细阅读员工手册和规章制度，了解自己的权利和义务。如果遇到不合理的扣除行为或侵犯自己权益的情况，应当及时与公司沟通或寻求法律帮助。
后续行动：
如果您对公司的扣除行为有疑问或认为自己的权益受到了侵犯，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。