结论：多休的年假公司是否可以扣回工资，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、年假性质与法律规定
年假是劳动者依法享有的带薪休假权利，根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，年假的天数根据员工的累计工作年限确定。劳动者在年假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。若员工实际享受的年假天数超过了其应享有的天数，即构成多休年假。
二、多休年假的处理方式
公司有权扣除工资的情况：
- 如果公司在员工离职结算时发现其多休了年假，且该多休年假并非因公司原因（如排班错误）导致，公司通常有权扣除该部分年假对应的工资。这是因为劳动者未提供劳动则无权获得劳动报酬，多休年假期间未提供劳动，因此公司有权要求返还已支付的该部分工资。
- 法律依据：虽然《中华人民共和国劳动法》第五十条规定“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”，但这并不排除因员工多休年假而扣除相应工资的情况。实际操作中，需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规进行综合判断。
公司不宜直接扣除工资的情况：
- 若多休年假是因公司原因（如安排失误、排班错误）导致的，公司应承担相应责任，一般不宜直接扣回工资。此时，公司应与员工协商解决方案，如调整后续休假安排或给予其他补偿。
- 法律依据：根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，用人单位当年已安排职工年休假的，多于折算应休年休假的天数不再扣回。虽然此条款主要规范的是正常休假情况下的处理，但对于因公司原因导致的多休年假，可参照此原则处理。
三、特殊情况下的处理
- 双方有特别约定：若公司与员工在劳动合同或规章制度中有特别约定（如允许员工在离职前预支年假），则按约定执行。此时，公司无权扣回多休年假的工资。
- 争议解决：若双方对多休年假存在争议或无法达成一致意见，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决。在争议解决过程中，双方应提供充分证据证明自己的主张。
四、操作建议
公司角度：
- 加强年假管理，确保准确核算和安排员工的年假天数。
- 发现多休年假情况时，及时与员工沟通并协商解决方案。
- 在处理过程中遵循法律法规和公平合理原则，避免引发劳动争议。
员工角度：
- 了解自己的年假权益和应享有的天数。
- 如发现多休年假情况，主动与单位沟通并协商解决方案。
- 遵守单位的规章制度和劳动纪律，避免因个人行为导致不必要的纠纷。
总结：多休的年假公司是否可以扣回工资，需根据多休年假的原因、双方约定以及相关法律法规进行综合判断。在处理此类问题时，建议双方保持沟通、协商解决，并遵循法律法规和公平合理原则。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。