结论前置：

1. 公司休年假时，不得扣除员工的工资，这是员工的合法权益，受法律严格保护。
2. 若公司违法扣除工资，员工有权通过协商、投诉、劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的权益。

详细分析：

一、年假期间的工资支付规定

根据《职工带薪年休假条例》第二条的规定，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。在年休假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，年假是带薪的，公司不得因员工休年假而扣除其工资。

二、工资构成与年假期间工资支付

工资通常包括基本工资、绩效工资、奖金等多个部分。在年假期间，员工虽然未实际出勤工作，但根据法律规定，其工资收入应与正常工作期间相同。因此，无论是基本工资还是绩效工资，公司都应全额支付，不得扣减。

三、公司违法扣除工资的后果

如果公司违反规定，在员工休年假期间扣除了工资，员工有权采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与公司协商：

   • 员工可以首先尝试与公司进行协商，明确指出休年假是法定权利，扣工资行为违法，要求公司补发扣除的工资。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门会进行调查，若调查属实，将责令公司限期支付扣除的工资，并可能对公司进行处罚。

3. 申请劳动仲裁：

   • 员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法进行裁决，若裁决支持员工请求而公司不履行裁决，员工可向人民法院申请强制执行。

4. 提起诉讼：

   • 若对仲裁结果不服，员工还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过法律途径进一步维护自己的权益。

四、实际操作建议

• 保留证据：员工在休年假前，应保留好劳动合同、工资条、休假申请审批记录等证据，以便在必要时证明自己的权益。
• 及时沟通：若发现公司有扣工资的迹象，员工应及时与公司沟通，明确表达自己的诉求和法律依据。
• 寻求帮助：在维权过程中，员工可以寻求工会、劳动监察部门或法律专业人士的帮助，以提高维权效率。

总结：公司休年假时不得扣除员工的工资，这是员工的法定权利。若公司违法扣除工资，员工有权通过协商、投诉、劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的权益。在实际操作中，员工应保留好相关证据，及时沟通并寻求帮助，以确保自己的权益得到充分保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。